Ngay sau khi có hiệu lực thi hành, Luật Thuế 71 đã nảy sinh nhiều bất cập, đi ngược lại so với mong muốn ban đầu. Cụ thể, giá bán phân bón trong nước không những không giảm mà còn tăng lên do phải gánh phần thuế VAT đầu vào mà doanh nghiệp không được hoàn thuế do không có thuế VAT đầu ra; tạo ra sự cạnh tranh thiếu công bằng giữa hàng sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu,...