Dù đã quá hạn để các cơ sở khám chữa bệnh thực hiện liên thông đơn thuốc điện tử tới Hệ thống đơn thuốc quốc gia, nhưng đến nay, trong khoảng hơn 60.000 cơ sở khám chữa bệnh (công lập, tư nhân) trên toàn quốc, mới có khoảng 8.473 cơ sở thực hiện liên thông đơn thuốc quốc gia, chỉ đạt mức hơn 16%. Còn khoảng 84% cơ sở khám chữa bệnh chưa liên thông đơn thuốc quốc gia.