Xác định muốn phát triển kinh tế-xã hội, hạ tầng giao thông phải đi trước một bước, những năm qua trong điều kiện còn khó khăn, Phú Yên đã dành một nguồn kinh phí đáng kể để xây dựng hạ tầng giao thông. Nhờ đó, hệ thống giao thông vận tải (GTVT) tỉnh có sự phát triển toàn diện, với đầy đủ các loại hình vận tải: đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, đường biển và đường hàng không.