Là cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền và trách nhiệm cao nhất trong lĩnh vực phụ trách, tuy nhiên, do sự thiếu đồng bộ và chặt chẽ trong các quy định, cho nên trong nhiều quy hoạch, chương trình, đề án hay những điều chỉnh, sắp xếp ở các địa phương đã không có sự tham vấn cần thiết của cơ quan chuyên ngành, dẫn đến nhiều hệ lụy.