Mặc dù phần lớn số trẻ đã được tiêm phòng đầy đủ vắc-xin phòng bệnh, nhưng vẫn còn một số trường hợp trẻ mắc bệnh do sức đề kháng kém, chưa tiêm vắc-xin hoặc tiêm không đủ số mũi.
Tiến sĩ Nguyễn Văn Lâm, Trưởng khoa Truyền nhiễm cho biết, viêm não Nhật Bản được xem là một trong những bệnh nguy hiểm, có tỷ lệ chết và di chứng cao ở trẻ nhỏ (từ 25 đến 35%). Những di chứng này khiến người bệnh giảm khả năng giao tiếp, giảm hoặc mất khả năng lao động, trở thành gánh nặng cho gia đình và xã hội.
Các ca bệnh viêm não Nhật Bản xuất hiện quanh năm, tập trung cao điểm từ tháng 5 đến tháng 9; lây truyền qua đường máu do vi-rút viêm não Nhật Bản gây nên. Ở Việt Nam, loại muỗi Culex tritaeniorhynchus sinh sản mạnh vào mùa hè, hoạt động mạnh vào lúc chập tối là trung gian chủ yếu truyền bệnh. Biện pháp phòng bệnh hiệu quả nhất là tiêm vắc-xin; đồng thời ăn uống hợp vệ sinh, nâng cao thể trạng, nằm màn tránh muỗi đốt; vệ sinh môi trường (tích cực diệt muỗi, bọ gậy).