Mục tiêu của Quy hoạch nhằm xây dựng Khu kinh tế Vân Phong trở thành trung tâm kinh tế năng động phát triển ngành nghề mới, trình độ cao, trở thành vùng động lực phát triển, đô thị thông minh, bền vững, bản sắc và kết nối quốc tế; là trung tâm dịch vụ, du lịch biển quốc tế; là một cực tăng trưởng, trung tâm của khu vực duyên hải Nam Trung Bộ, Tây Nguyên về kinh tế biển, công nghiệp công nghệ cao, khoa học và công nghệ, đổi mới sáng tạo, đào tạo nguồn nhân lực và chăm sóc sức khỏe chất lượng cao.
Quy hoạch cũng xác định mục tiêu xây dựng Khu kinh tế Vân Phong theo mô hình phát triển thân thiện môi trường, khai thác hiệu quả tiềm năng khác biệt, cơ hội nổi trội, thu hút mạnh các nguồn lực đầu tư, tích cực thu hút và quy tụ nguồn lực sáng tạo, phương thức quản lý mới, tiên tiến; nuôi dưỡng động lực mới cho phát triển...
