Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên, từ tháng 6/2020 đến tháng 1/2021, trên địa bàn TP Hồ Chí Minh và tỉnh Phú Yên, Ngô Công Trứ thông qua mạng xã hội, biết rõ tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” ở Mỹ do Đào Minh Quân đứng đầu là tổ chức phản động nhưng đã đồng tình, ủng hộ cương lĩnh, điều lệ.
Ngô Công Trứ làm đơn tự nguyện tham gia tổ chức và được kết nạp là thành viên nhằm cùng tổ chức này xóa bỏ vai trò lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam, lật đổ Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam thay thế bằng nhà nước “Đệ Tam Việt Nam Cộng Hòa” do Đào Minh Quân làm tổng thống. Bằng nhiều hình thức khác nhau, Ngô Công Trứ đã kích động, nói xấu lãnh tụ và vận động nhiều người tham gia tổ phản động nhằm lật đổ Nhà nước ta.
Trước đó, như Báo Nhân Dân đã đưa tin, ngày 4/2/2021, từ các chứng cứ thu thập được, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Phú Yên đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và bắt tạm giam đối với Ngô Công Trứ để điều tra về tội “Hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân”.
