Long Biên là một trong những quận có hạ tầng đô thị, nhất là hệ thống đường giao thông đồng bộ, hiện đại nhất của Thủ đô. Tuy nhiên, hệ thống hồ điều hòa, tiêu thoát nước lại chưa phát triển tương xứng. Ðáng chú ý nút giao Cổ Linh-Ðàm Quang Trung ở khu vực đầu cầu Vĩnh Tuy gần đây thường xuyên xảy ra ngập lụt khi mưa lớn.

Theo Bộ trưởng Tài nguyên và Môi trường Trần Hồng Hà, ô nhiễm tại lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy đã nhận diện và đánh giá về các nguồn thải. Theo đó, nguồn thải chủ yếu là ô nhiễm hữu cơ từ nước thải sinh hoạt, từ nguồn thải của các tỉnh, thành phố của sông Nhuệ, sông Đáy.

Hiện nay, nước thải sinh hoạt và nước thải chăn nuôi ở các vùng nông thôn đa phần thải trực tiếp ra môi trường hoặc là tự thấm mà chưa được thu gom, xử lý triệt để đạt quy chuẩn kỹ thuật về môi trường. Đã xuất hiện những “dòng sông chết” do lượng nước thải lớn gây ô nhiễm, ảnh hưởng nghiêm trọng đến cảnh quan, sức khỏe, sinh hoạt, và hoạt động sản xuất của người dân.