Theo đó, mục tiêu chung của việc lập quy hoạch là bảo đảm hiệu quả hoạt động khai thác, gắn với bảo vệ, bảo tồn, phục hồi, phát triển nguồn lợi thủy sản, phát triển nghề cá bền vững và có trách nhiệm; bảo vệ môi trường, thích ứng với biến đổi khí hậu, phù hợp yêu cầu hội nhập quốc tế; bảo vệ quốc phòng, an ninh trên các vùng biển, hải đảo thuộc chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán quốc gia của Việt Nam. Về các mục tiêu cụ thể, cần xây dựng được bộ chỉ tiêu, chỉ số cụ thể về bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch (giai đoạn 2021 - 2030 và 2031 - 2050); xây dựng được phương án tổ chức không gian khai thác thủy sản phù hợp từng vùng biển, từng khu vực biển, gắn với số lượng tàu cá hoạt động theo nghề, chiều dài, đối tượng khai thác cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch (giai đoạn 2021 - 2030 và 2031 - 2050)...
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được giao chủ trì, phối hợp các bộ, ngành, cơ quan, tổ chức liên quan lập quy hoạch theo nhiệm vụ đã được phê duyệt, bảo đảm chất lượng, tiến độ, hiệu quả. Các bộ, ngành, UBND các địa phương phối hợp Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn lập Quy hoạch bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản giai đoạn 2021 - 2030, tầm nhìn đến 2050.