Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, giai đoạn 2011 - 2015, tại VAST và tám đơn vị trực thuộc còn nhiều thiếu sót, hạn chế. Đó là chưa giao đầy đủ dự toán thu sự nghiệp cho các đơn vị trực thuộc theo quy định, không giao chỉ tiêu tiết kiệm 10% chi thường xuyên để tạo lập nguồn cải cách tiền lương (năm 2014). Đối với công tác thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư, Thanh tra Chính phủ cho rằng, việc VAST phê duyệt Dự án "Đầu tư thí điểm phát triển và hiện đại hóa Viện Địa chất - giai đoạn 1" không phản ánh loại, cấp công trình như quy định; phê duyệt quy mô công trình Dự án "Cơ sở nghiên cứu Viện Sinh học Tây Nguyên" chưa phù hợp thực tiễn; phê duyệt điều chỉnh quy mô Dự án "Cơ sở nghiên cứu, triển khai Viện Khoa học Vật liệu ứng dụng" khi chưa được thẩm định… Giao chủ đầu tư không có chức năng chuyên môn và không đủ cán bộ có năng lực quản lý dự án đầu tư xây dựng trực tiếp quản lý dự án, đồng thời để Viện Nghiên cứu Hệ gen tự thực hiện công tác lập dự án dù không đủ tư cách pháp nhân… Việc thẩm định, phê duyệt kế hoạch đấu thầu của VAST có nhiều thiếu sót như phê duyệt kế hoạch đấu thầu không nêu rõ nguồn vốn hoặc phương thức thu xếp vốn thanh toán cho nhà thầu, phê duyệt gói thầu tư vấn giám sát xây dựng có thời gian thực hiện hơn 18 tháng, phân chia gói thầu không hợp lý…
Đối với tám đơn vị thuộc VAST, Thanh tra Chính phủ chỉ rõ một số thiếu sót, như: lập, phê duyệt dự toán chi phí quản lý dự án hằng năm chậm, dẫn đến nhiều khoản chi không đúng quy định; khi thu các khoản phí, lệ phí, học phí phát sinh tại đơn vị không nộp Kho bạc Nhà nước theo quy định; công tác mua sắm vật tư, hóa chất cho các đề tài còn thiếu sót về lựa chọn đơn vị cung cấp, chưa theo dõi các vật tư, hóa chất trên sổ sách kế toán…
Một số dự án đầu tư xây dựng cơ bản của VAST như Dự án "Cơ sở nghiên cứu Viện Kỹ thuật nhiệt đới" còn sai sót, làm tăng chi phí xây dựng hơn 732 triệu đồng. Việc thi công lắp đặt ở một số dự án phải giảm trừ giá trị một số gói thầu được kiểm tra với tổng số tiền là hơn 3,4 tỷ đồng… Kết luận của Thanh tra Chính phủ cũng chỉ rõ, nguyên nhân của những thiếu sót nêu trên là do ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng tài chính, tiền tệ trên thế giới và những khó khăn của nền kinh tế trong nước, khiến nguồn kinh phí chi thường xuyên và vốn cho xây dựng cơ bản bị cắt giảm.
Tổng số tiền mà Thanh tra Chính phủ kiến nghị VAST xử lý về kinh tế sau kết luận thanh tra là hơn 4,19 tỷ đồng; đồng thời chỉ đạo kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với các tập thể, cá nhân liên quan thiếu sót, khuyết điểm nêu trong kết luận thanh tra.
