Dự án đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 281/2006/QĐ-TTg ngày 19-12-2006. Tuy nhiên, tại cuộc họp thường trực Chính phủ ngày 13-8-2015, Thủ tướng Chính phủ đã kết luận: “Trong điều kiện hiện nay ngân sách nhà nước còn khó khăn, đồng thời công tác chuẩn bị đầu tư xây dựng Bảo tàng Quốc gia cần được nghiên cứu, thực hiện hết sức kỹ lưỡng, vì vậy trong giai đoạn từ 2015-2020 yêu cầu Bộ Xây dựng, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch chỉ đạo Ban Quản lý dự án và các cơ quan chức năng tập trung nghiên cứu kỹ, hoàn thành tốt công tác chuẩn bị đầu tư và các thủ tục đầu tư theo quy định”. Đồng thời chỉ đạo: “Bộ Kế hoạch và Đầu tư bổ sung kinh phí đầu tư năm 2015 cho dự án. Giao Bộ Xây dựng chuẩn bị kế hoạch vốn cho giai đoạn 2016-2020, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đưa vào danh mục kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020, phấn đấu khởi công dự án vào 2021, hoàn thành đưa vào sử dụng năm 2024”. (Thông báo số 310/TB-VPCP ngày 10/9/2015 của Văn phòng Chính phủ).
Trong các năm 2015, 2016, 2017 và kế hoạch trung hạn 2017-2020, dự án không được bố trí nguồn vốn để triển khai, trong đó có công tác chuẩn bị xây dựng nội dung và hình thức trưng bày, triển khai thiết kế kỹ thuật. Vì vậy, các Ban Quản lý dự án không có nguồn kinh phí để duy trì hoạt động, cũng như chi trả tiền lương, Bảo hiểm xã hội cho cán bộ viên chức.
Để tháo gỡ khó khăn, Bộ Xây dựng đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ kiện toàn và tổ chức họp Ban Chỉ đạo nhà nước xây dựng Bảo tàng Lịch sử Quốc gia để nghe Bộ Xây dựng, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch báo cáo tình hình thực hiện cụ thể của Dự án và chỉ đạo định hướng tháo gỡ khó khăn, vướng mắc và chỉ đạo các Bộ ngành có liên quan tiếp tục thực hiện kết luận của Thủ tướng Chính phủ tại cuộc họp Thường trực Chính phủ ngày 13-8-2015 về Dự án. Quan điểm của Bộ Xây dựng là không thúc đẩy triển khai dự án vào lúc này. Thực hiện theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, phấn đấu khởi công sớm nhất vào năm 2021, khi điều kiện kinh tế xã hội chung của đất nước cho phép. Trước mắt cần tập trung thực hiện tốt công tác chuẩn bị, nhất là phần xây dựng nội dung, phương án phân loại và thu thập hiện vật, phương án trưng bày… Bộ Xây dựng và Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã và đang phối hợp chặt chẽ khắc phục khó khăn, thực hiện nhiệm vụ được Thủ tướng Chính phủ giao.
