Các địa phương chưa chỉ đạo sát sao cơ quan chuyên môn trong việc chứng nhận, xác nhận sản phẩm hải sản khai thác; hệ thống giám sát tàu cá chưa đáp ứng yêu cầu, tàu cá vi phạm vùng biển nước ngoài vẫn diễn biến phức tạp. Mức độ xử phạt hành chính đối với các hành vi vi phạm khai thác IUU còn thấp, chưa tạo được sự răn đe, chưa tương đồng với một số nước trong khu vực và quốc tế.
Số liệu từ Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho thấy, mặc dù đã có sự vào cuộc tích cực của các cơ quan Trung ương trong việc chống khai thác IUU, nhất là việc hoàn thiện Luật Thủy sản đã "nội hóa" các quy định của quốc tế, các khuyến nghị của EC và sự phối hợp chặt chẽ với EC trong việc xây dựng các văn bản hướng dẫn Luật Thủy sản năm 2017, nhưng việc khắc phục "thẻ vàng" vẫn còn lỗ hổng.
Cụ thể, hiện Việt Nam có gần 33 nghìn tàu cá đánh bắt xa bờ (công suất 90CV trở lên) nhưng chỉ có khoảng 3.000 tàu được lắp thiết bị định vị vệ tinh Movimar. Bên cạnh đó, việc kiểm soát đánh bắt và truy xuất nguồn gốc hải sản khai thác còn có những hạn chế. Ngay trong thời gian Ðoàn thanh tra của Tổng vụ các vấn đề về Biển và Thủy sản của EC kiểm tra tại cảng cá Quy Nhơn (Bình Ðịnh) thì Ban Quản lý cảng cá Quy Nhơn cũng chưa kiểm soát được tàu cá cập cảng, lên cá cũng như hồ sơ liên quan tàu cá cập cảng.
Trước tình hình đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã có văn bản đề nghị các địa phương ven biển đẩy mạnh tuyên truyền, giáo dục, bảo đảm ngư dân, các tổ chức có liên quan hoạt động thủy sản phải nắm được đầy đủ thông tin về việc cảnh báo "thẻ vàng" của EC và những nội dung cơ bản quy định về khai thác IUU. Các địa phương cần có biện pháp xử lý quyết liệt như: Rút giấy phép khai thác, không cấp giấy phép mới đối với các chủ tàu có tàu cá vi phạm vùng biển nước ngoài bị bắt giữ hoặc bị phát hiện trên hệ thống giám sát hành trình.
Như vậy, EC gia hạn đối với Việt Nam trong việc khắc phục "thẻ vàng" là một cơ hội để nghề cá nước ta có thêm thời gian hoàn thiện các khuyến nghị EC đưa ra. Tuy nhiên, điều này cũng là một cảnh báo mới đối với hoạt động khai thác hải sản của nước ta. Rõ ràng, sau sáu tháng từ thời điểm EC rút "thẻ vàng", chúng ta chưa thể xoay chuyển tình thế từ một nghề cá nhân dân sang nghề cá khai thác có trách nhiệm và bền vững. Và như vậy, nhiệm vụ của các cơ quan chức năng và ngư dân từ nay đến tháng 1-2019 là hết sức nặng nề, đòi hỏi các chương trình hành động và thực tế triển khai phải quyết liệt, đồng bộ và mang lại kết quả thật sự. Bởi lẽ, nếu tiếp tục không đáp ứng được các yêu cầu của EC thì chúng ta khó có thể chờ đợi vào sự gia hạn tiếp theo, có nghĩa là trong trường hợp đó, nghề cá và các sản phẩm thủy hải sản của Việt Nam sẽ bị ảnh hưởng lớn không chỉ tại thị trường châu Âu mà trên toàn thế giới.