Theo kết luận thanh tra, trong giai đoạn 2018-2019, Trường đại học Đồng Nai dự toán số lượng sinh viên bình quân cao hơn thực tế tuyển sinh dẫn đến được cấp dư ngân sách gần 30 tỷ đồng.
Việc hạch toán thu, chi năm 2018, để ngoài sổ sách kế toán doanh thu hơn 37 tỷ đồng, dẫn đến giảm số tiền thuế phải nộp gần 700 triệu đồng. Hành vi này có dấu hiệu vi phạm quy định tại Điều 200, Bộ luật Hình sự.
Kết luận thanh tra cũng đã chỉ ra hàng loạt sai phạm trong việc quản lý phôi bằng không đúng quy trình; nhiều chứng từ thu, chi chưa bảo đảm đầy đủ; sử dụng nguồn phí, lệ phí để trả tiền công, tiền bồi dưỡng cho cán bộ không đúng quy định. Ngoài ra, lãnh đạo Trường đại học Đồng Nai đã lập chứng từ chi quản lý cho các đối tác không có trong hợp đồng với số tiền hàng trăm triệu đồng; không xây dựng kế hoạch mua sắm, sửa chữa hằng năm, một số hồ sơ mua sắm có tính chất giống nhau...
Đối với Trường phổ thông thực hành sư phạm Đồng Nai thuộc Trường đại học Đồng Nai cũng mắc nhiều sai phạm, như: Việc giữ tiền mặt không đúng quy định; thu các khoản bằng phiếu thu không đúng mẫu; chi hơn 548 triệu đồng cho 4 người ở Trường đại học Đồng Nai không nằm trong quy chế chi tiêu nội bộ; vi phạm về nghĩa vụ thuế, mua sắm trang thiết bị.
Để xảy ra những sai phạm này trách nhiệm chính thuộc về Hiệu trưởng, Trưởng phòng kế hoạch-tài chính, kế toán trưởng, thủ quỹ Trường đại học Đồng Nai và Hiệu trưởng, kế toán Trường phổ thông thực hành sư phạm Đồng Nai giai đoạn 2018-2019.
Với những sai phạm trên, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai đề nghị chuyển hồ sơ vụ việc đối với hành vi kê khai thiếu, để ngoài sổ sách kế toán doanh thu tính thuế số tiền hơn 37 tỷ đồng tại Trường đại học Đồng Nai cho Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh điều tra theo quy định. Cùng với đó, các đơn vị liên quan chấn chỉnh và khắc phục những thiếu sót, thu hồi các khoản chi sai.
Liên quan đến sai phạm tại Trường đại học Đồng Nai, trước đó, Báo Nhân Dân đã đưa tin, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Đồng Nai đã tiến hành kiểm tra và kết luận hàng loạt vi phạm. Sau đó, ông Trần Minh Hùng, Phó Bí thư Đảng ủy, Hiệu trưởng Trường đại học Đồng Nai bị Ban Thường vụ Tỉnh ủy Đồng Nai thi hành kỷ luật bằng hình thức cách hết chức vụ trong Đảng. Đến tháng 6/2021, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai quyết định kỷ luật cách chức Hiệu trưởng đối với ông Trần Minh Hùng. Một số cán bộ khác của nhà trường liên quan đến sai phạm cũng bị thi hành kỷ luật.
