Từ năm 1947 đến năm 1950, đồng chí lần lượt giữ các chức vụ: Bí thư Tỉnh ủy Thừa Thiên, Bí thư Phân khu ủy Bình-Trị-Thiên và Bí thư Liên khu ủy Liên khu 4. Năm 1950, đồng chí được điều động vào Quân đội giữ cương vị Phó Bí thư Tổng Quân ủy, Chủ nhiệm Tổng cục Chính trị (TCCT). Tại Ðại hội II (2-1951) và Ðại hội III (9-1960) của Ðảng, đồng chí đều được bầu vào Ban Chấp hành Trung ương và Bộ Chính trị. Từ cuối năm 1960, đồng chí được giao nhiệm vụ Trưởng ban Nông nghiệp Trung ương. Trước yêu cầu của cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước, đồng chí được điều động trở lại quân đội, đảm nhiệm các chức vụ: Bí thư T.Ư Cục miền Nam và Chính ủy các lực lượng vũ trang nhân dân (LLVTND) giải phóng miền Nam. Năm 1967, đồng chí đột ngột từ trần do một cơn bạo bệnh trong niềm tiếc thương sâu sắc của cán bộ, chiến sĩ toàn quân và của đồng bào, đồng chí cả nước.
Kỷ niệm 100 năm Ngày sinh của đồng chí Nguyễn Chí Thanh, chúng ta cùng nhau tưởng nhớ, ôn lại những kỷ niệm về một con người, một nhà chính trị, quân sự tài năng xuất chúng; một nhân cách lớn; người học trò xuất sắc của Chủ tịch Hồ Chí Minh, có nhiều cống hiến to lớn đối với sự nghiệp cách mạng của Ðảng, của dân tộc và quân đội.
Những đóng góp của Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh đối với Ðảng, Nhà nước, quân đội và nhân dân ta trên các lĩnh vực có giá trị lý luận và thực tiễn sâu sắc, thể hiện tầm tư tưởng cao, lý luận sắc bén, đến nay vẫn còn mang tính thời sự nóng hổi. Trong cuộc đời hoạt động cách mạng phong phú, sôi nổi của mình, ở cương vị nào Ðại tướng cũng thể hiện là một chiến sĩ cộng sản kiên trung, đầy nhiệt huyết cách mạng, hết lòng phụng sự Tổ quốc, phục vụ nhân dân và là tấm gương tiêu biểu về "cần, kiệm, liêm, chính, chí công vô tư". Trong thời gian 10 năm (1950 - 1960) giữ chức Phó Bí thư Tổng Quân ủy, Chủ nhiệm TCCT Quân đội nhân dân (QÐND) Việt Nam, đồng chí đã có nhiều đóng góp quan trọng trong lãnh đạo, chỉ đạo cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ xâm lược, xây dựng CNXH ở miền Bắc, trực tiếp nhất là sự nghiệp xây dựng LLVTND, QÐND vững mạnh toàn diện, đặc biệt là vững mạnh về chính trị, làm cơ sở để nâng cao chất lượng tổng hợp, sức mạnh chiến đấu và chiến thắng.
Năm 1950, cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược của quân và dân ta chuyển sang một giai đoạn mới. Sau Hội nghị toàn quốc lần thứ 3, Ban Thường vụ T.Ư Ðảng đã ra Nghị quyết về củng cố tổ chức Bộ Quốc phòng - Tổng Tư lệnh và kiện toàn bộ máy cơ quan quân sự ở T.Ư. Theo đó, T.Ư đã quyết định điều động một số cán bộ thuộc các cơ quan dân-chính-Ðảng có năng lực vào quân đội, giao phụ trách các mặt công tác quan trọng thuộc lĩnh vực quân sự. Ngày 11-7-1950, Chủ tịch Hồ Chí Minh ban hành Sắc lệnh số 121/SL về tổ chức Bộ Tổng Tư lệnh gồm các cơ quan: Bộ Tổng Tham mưu, Tổng cục Chính trị và Tổng cục Cung cấp; Người cũng đã ký Sắc lệnh 122/SL bổ nhiệm đồng chí Nguyễn Chí Thanh, Ủy viên T.Ư Ðảng, nguyên Bí thư Liên khu ủy 4 làm Chủ nhiệm TCCT QÐND Việt Nam, kiêm Phó Bí thư Tổng Quân ủy.
Ngay sau khi đảm nhiệm chức vụ mới, đồng chí đã cùng Tổng Quân ủy bắt tay vào việc lãnh đạo, chỉ đạo xây dựng quân đội vững mạnh toàn diện, làm cho các mặt công tác tham mưu, chính trị, hậu cần của quân đội được kiện toàn, đi vào hoạt động có nền nếp và chất lượng. Ðặc biệt, đồng chí đã trực tiếp cùng với Tổng Quân ủy đề ra và thực hiện thành công nhiều biện pháp xây dựng quân đội vững mạnh về chính trị, tư tưởng và tổ chức; tập trung nhiều công sức, tâm huyết cho việc xây dựng cơ chế lãnh đạo của Ðảng đối với quân đội; đặt công tác đảng, công tác chính trị (CTÐ, CTCT) đúng vị trí và phát huy vai trò trong thực tiễn; xây dựng đội ngũ cán bộ các cấp theo đúng đường lối của Ðảng... Qua đó, tạo sự phát triển vượt bậc về chất lượng tổng hợp, sức mạnh chiến đấu của LLVTND, QÐND.
Quan điểm xuyên suốt, nhất quán của Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh là Ðảng phải lãnh đạo tuyệt đối, trực tiếp về mọi mặt đối với quân đội. Ðồng chí khẳng định: "Ðảng là người tổ chức, lãnh đạo và giáo dục quân đội ta... Do nắm vững quan điểm cơ bản đó mà chúng ta chủ trương Ðảng lãnh đạo tuyệt đối quân đội. Chúng ta đã kiên quyết đấu tranh chống tất cả những khuynh hướng cho quân đội là phi Ðảng, phi chính trị, phi giai cấp và đòi làm giảm nhẹ sự lãnh đạo của Ðảng trong quân đội". Ðể tăng cường sự lãnh đạo của Ðảng đối với quân đội, đồng chí đã cùng Tổng Quân ủy tập trung mọi nỗ lực vào việc nghiên cứu, hoàn thiện cơ chế lãnh đạo của Ðảng đối quân Quân đội. Từ nắm bắt thực tiễn, đồng chí đã đề xuất thay thế chế độ chính ủy tối hậu quyết định (được áp dụng từ tháng 8-1949) bằng chế độ đảng ủy. Vấn đề này đã được Ðại hội lần thứ II của Ðảng (2-1951) thảo luận, thông qua và ghi rõ trong Ðiều lệ Ðảng. Sự ra đời của chế độ đảng ủy là một thành công lớn, ghi dấu ấn đóng góp quan trọng của Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh, góp phần khắc phục được những hạn chế của cơ chế cũ; đồng thời hình thành một cơ chế mới: "Lấy Ðảng ủy làm hạt nhân của hạt nhân lãnh đạo, đồng thời xác định chế độ thủ trưởng chính trị và thủ trưởng quân sự phân công phụ trách dưới sự lãnh đạo tập thể của Ðảng ủy". Cho đến nay, trải qua những giai đoạn khác nhau, chế độ đó vẫn được khẳng định là đúng đắn, khoa học, phù hợp với đặc điểm và bản chất cách mạng của quân đội ta.
Cùng với thiết lập chế độ đảng ủy, đồng chí Nguyễn Chí Thanh là người dành nhiều tâm lực, trí tuệ cho việc chấn chỉnh, đưa hoạt động CTÐ, CTCT trong quân đội vào nền nếp, thật sự "... là linh hồn và mạch sống của Quân đội ta, làm cho Quân đội ta thực sự trở thành một quân đội của dân tộc, của giai cấp, một quân đội tất thắng". Ðồng chí đã chỉ đạo triển khai thành lập hệ thống cơ quan chính trị và thực hiện chế độ chính ủy, chính trị viên từ TCCT xuống đến các quân khu, đại đoàn, trung đoàn, tiểu đoàn và đại đội. Nhờ đó, CTÐ, CTCT ngày càng đi vào cuộc sống, trở nên gần gũi, sinh động, đi vào mọi tổ chức, lực lượng, con người ở mọi nhiệm vụ, mọi mặt hoạt động trong mọi hoàn cảnh, ở mọi cấp của quân đội. Cũng với tinh thần ấy, theo chỉ đạo của đồng chí, trong mỗi chiến dịch, bên cạnh Bộ Tổng Tư lệnh trực tiếp chỉ đạo chiến dịch, TCCT tổ chức cơ quan Tổng cục ở tiền phương, có trách nhiệm phối hợp với cơ quan Tổng cục ở hậu phương trực tiếp chỉ đạo CTÐ, CTCT trong tác chiến. Nhờ đó, CTÐ, CTCT trong các chiến dịch, đặc biệt là trong Chiến dịch lịch sử Ðiện Biên Phủ, đã kịp thời động viên tinh thần, kiện toàn tổ chức, bảo đảm sự lãnh đạo, chỉ huy liên tục trong chiến đấu; đồng thời kết hợp chặt chẽ giữa công tác tư tưởng với công tác tổ chức và công tác chính sách, tạo nên sức mạnh tổng hợp để phục vụ chiến đấu và chiến đấu giành thắng lợi.
Với quan niệm công tác lãnh đạo của Ðảng đối với quân đội về thực chất là công tác vận động cách mạng của Ðảng trong quân đội, Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh là người luôn coi trọng lãnh đạo làm tốt công tác tư tưởng, trọng tâm là xây dựng bản chất giai cấp công nhân, tính nhân dân, tính dân tộc của quân đội ta. Trong các nội dung đó, đồng chí rất quan tâm công tác giáo dục chính trị, tư tưởng nhằm làm cho cán bộ, chiến sĩ thấm nhuần sâu sắc chủ nghĩa Mác - Lê-nin, nắm vững quan điểm, đường lối của Ðảng, yêu nước, yêu chế độ; có tinh thần đoàn kết nội bộ, đoàn kết bền chặt với nhân dân; nắm vững tình hình, nhiệm vụ của cách mạng, âm mưu, thủ đoạn của kẻ thù; có trình độ giác ngộ chính trị vững chắc trên cơ sở phân biệt rõ thù, bạn, ta; có lòng căm thù giặc sâu sắc và ý chí "tự lực cánh sinh" vượt mọi khó khăn, gian khổ để hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ. Từ sự phân tích tinh tế những hạn chế, yếu kém trong công tác tư tưởng của các đơn vị, đồng chí đã có những chỉ đạo sáng suốt, kịp thời để nâng cao hiệu quả công tác tư tưởng trong quân đội. Ðồng chí khẳng định công tác tư tưởng phải đi sâu vào việc bồi dưỡng nhận thức, ý chí, tình cảm, hình thành ý thức giác ngộ và bản lĩnh chính trị sâu sắc cho cán bộ, chiến sĩ; trang bị cho cán bộ, chiến sĩ thế giới quan, nhân sinh quan, phương pháp luận khoa học... để trên cơ sở đó, phân biệt được giữa đúng và sai, giữa tốt và xấu, giải quyết đúng đắn các mối quan hệ: giữa chung và riêng, mục đích và phương tiện, con người và vũ khí, kỹ thuật... Trong công tác xây dựng Ðảng, đồng chí đặc biệt coi trọng việc xây dựng chi bộ đại đội, nơi được xem là "cầu nối liền Ðảng với quần chúng", hạt nhân đoàn kết và lãnh đạo trong đại đội. Ðồng thời, luôn đặt ra yêu cầu, đòi hỏi các cấp phải làm tốt công tác giáo dục, rèn luyện đảng viên toàn diện cả về giác ngộ chính trị, giác ngộ giai cấp, đạo đức cách mạng, năng lực và phương pháp, tác phong công tác. Ðồng chí yêu cầu làm công tác tư tưởng phải kết hợp giữa "xây" và "chống", kiên trì, bền bỉ, lấy thuyết phục là chính, nhưng cũng phải kiên quyết giữ vững nguyên tắc, tôn trọng kỷ cương, kỷ luật và pháp luật. Việc đồng chí đề xuất với Bác Hồ nghiêm trị những cán bộ phạm tội tham ô, vi phạm kỷ luật nghiêm trọng là những thí dụ sinh động chứng minh về con người rất cương quyết, luôn đặt lợi ích đất nước, quân đội lên trên hết.
Là người trung thành tuyệt đối với đường lối của Ðảng, nhưng cũng độc lập, sáng tạo trong hoạt động thực tiễn, Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh đã có những đóng góp lớn trong xây dựng đội ngũ cán bộ quân đội vững mạnh, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Ðồng chí quán triệt rõ quan điểm xây dựng cán bộ xuất thân từ công-nông, bởi đây là lực lượng chủ lực của cách mạng; song, cũng rất khách quan trong nhận xét, đánh giá, sử dụng cán bộ thuộc các thành phần xuất thân khác. Ðồng chí là người dám chịu trách nhiệm để bảo vệ cán bộ, bảo vệ cái đúng, không sợ khuyết điểm, bởi ở đồng chí có một lòng tin vững chắc vào sự giác ngộ và xu hướng phát triển của con người. Rất nhiều cán bộ dưới quyền được đồng chí phát hiện, trọng dụng, bố trí vào những vị trí công tác phù hợp đã phát triển trở thành những cốt cán của Ðảng, Nhà nước và quân đội.
Là Chủ nhiệm TCCT, Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh luôn thể hiện là một mẫu hình về người Chính ủy của QÐND Việt Nam; luôn tuyệt đối trung thành, tận tụy, không quản ngại gian khổ, hy sinh, toàn tâm, toàn ý thực hiện thành công mọi nhiệm vụ được giao. Ðồng chí là một con người tiêu biểu về giác ngộ mục tiêu, lý tưởng cộng sản; kiên định chủ nghĩa Mác - Lê-nin, kiên định cuộc đấu tranh vì độc lập dân tộc và chủ nghĩa xã hội. Ðồng chí là "Một người học được rất nhiều lời dạy của Bác Hồ". Ðó là một tấm gương sáng trong về đạo đức cách mạng "cần, kiệm, liêm, chính, chí công vô tư"; kiên quyết đấu tranh với chủ nghĩa cá nhân và những thói hư, tật xấu, tàn dư của chế độ cũ. Ðồng chí tiêu biểu cho một thế hệ cán bộ mới, rất năng động, sáng tạo trong suy nghĩ và hành động, nhất quán giữa nói và làm, lý luận gắn với thực tiễn; rất dân chủ chân tình, cởi mở, luôn chú ý lắng nghe ý kiến của quần chúng nhưng cũng rất độc lập suy nghĩ, không theo đuôi quần chúng; sâu sát cơ sở, sâu sát thực tiễn...
Giờ đây, Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh đã đi xa nhưng những di sản mà đồng chí để lại vẫn còn tươi mới, mang tính thời sự nóng hổi. Cơ chế lãnh đạo của Ðảng đối với quân đội mà đồng chí đề xướng cách đây hơn 50 năm, về cơ bản chúng ta vẫn tiếp thu và được hoàn chỉnh bằng Nghị quyết 51-NQ/TW của Bộ Chính trị (khóa IX) và Nghị quyết 513-NQ/ÐUQSTW của Ðảng ủy Quân sự T.Ư (nay là Quân ủy T.Ư) về "Tiếp tục hoàn thiện cơ chế lãnh đạo của Ðảng, thực hiện chế độ một người chỉ huy gắn với thực hiện chế độ chính ủy, chính trị viên trong QÐND Việt Nam". Vai trò, vị trí của CTÐ, CTCT trong quân đội vẫn đang không ngừng được phát huy tính hiệu lực và hiệu quả trong thực tiễn xây dựng quân đội. Yêu cầu xây dựng quân đội vững mạnh về chính trị làm cơ sở để nâng cao chất lượng tổng hợp, sức mạnh chiến đấu; đấu tranh chống mọi âm mưu, thủ đoạn "phi chính trị hóa" quân đội, nâng cao giác ngộ cộng sản chủ nghĩa, đẩy lùi chủ nghĩa cá nhân, xây dựng đạo đức cách mạng, tác phong quần chúng và lối sống trong sạch, lành mạnh,... đối với cán bộ, đảng viên vẫn đang là những vấn đề nóng hổi cả trên mặt trận tư tưởng, lý luận và thực tiễn xây dựng Ðảng, xây dựng quân đội. Ðó cũng là cuộc đấu tranh giữa cái tốt và cái xấu, "xây" đi đôi với "chống" mà Nghị quyết Trung ương 4 (khóa XI) về xây dựng Ðảng cũng như Chỉ thị 03-CT/TW của Bộ Chính trị (khóa XI) về "Tiếp tục đẩy mạnh việc học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh" đã chỉ ra.
Kỷ niệm 100 năm Ngày sinh Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh, chúng ta càng thêm tự hào về một QÐND Anh hùng có những tướng lĩnh tài ba, mẫu mực, "văn võ song toàn" như Ðại tướng Nguyễn Chí Thanh. Sự nghiệp của đồng chí mãi mãi trường tồn với thời gian, bởi thế hệ cán bộ, chiến sĩ quân đội hôm nay đã và đang nguyện kế tục xứng đáng những gì mà lớp cha anh để lại, tiếp tục xây dựng QÐND Việt Nam "cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại", mãi mãi xứng danh "Bộ đội Cụ Hồ" phấn đấu hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ mà Ðảng, Tổ quốc và nhân dân giao phó.