Cho đến nay, hệ thống công trình thủy lợi của cả nước trực tiếp phục vụ tưới tiêu cho 3,45 triệu ha, tạo nguồn cấp nước cho 1,13 triệu ha, tiêu nước cho 1,4 triệu ha, ngăn mặn 0,87 triệu ha và cải tạo chua phèn 1,6 triệu ha đất canh tác nông nghiệp. Ngoài ra, mỗi năm, hệ thống thủy lợi cấp hơn năm tỷ m3 nước/năm cho sinh hoạt và các ngành kinh tế khác. Trong công tác PCLB, giảm nhẹ thiên tai, thời gian qua, Nhà nước đầu tư, xây dựng nhiều công trình hồ chứa lớn thượng nguồn để chống lũ cho hạ du; nhiều hệ thống đê sông, đê biển được nâng cấp và xây mới đã góp phần giảm số người chết và thiệt hại kinh tế do thiên tai, đặc biệt là đối với các tỉnh đồng bằng sông Hồng và sông Cửu Long. Tuy nhiên, trong công tác PCLB tồn tại một hạn chế lớn, đó là tình trạng ngập lụt ở các đô thị lớn xảy ra ngày càng nhiều. Sau mỗi trận mưa vừa, mưa to, hầu hết các thành phố lớn ở nước ta như Hà Nội, TP Hồ Chí Minh và một số đô thị khác đều ngập lụt nặng, ảnh hưởng lớn đến sinh hoạt và đời sống nhân dân.
Tình trạng ngập lụt ở các đô thị lớn hiện nay có nguyên nhân chủ quan và khách quan sau. Một là do mưa lớn (điển hình trận lụt do mưa tại Hà Nội tháng 11-2008); hai là ngập lụt do triều cường và nước biển dâng (đối với các thành phố ven biển như TP Hồ Chí Minh, Cà Mau, Hải Phòng...); ba là ngập lụt do hệ thống tiêu thoát không đủ năng lực (bao gồm các hệ thống cống nội thành, kênh rạch và trạm bơm tiêu) và bốn là do san lấp các vùng trũng ven đô. Riêng tại Thủ đô Hà Nội, hệ thống tiêu thoát nước trong nội đô không những bị bồi lắng, tắc nghẽn bởi rác thải, đất thải mà còn do kích thước quá nhỏ. Trước đây, người ta thiết kế hệ thống đường ống tiêu thoát nước của Hà Nội chỉ tính cho một diện tích nhất định. Nhưng do quá trình đô thị hóa nhanh, năng lực của hệ thống bị quá tải, Hà Nội lại đang phát triển đô thị nhanh về phía tây, cộng với hệ thống thoát nước lại không phát triển đồng bộ, do đó khi xảy ra mưa lớn gây ngập úng trong nội đô là điều dễ hiểu, mà minh chứng rõ nét nhất là trận lụt lịch sử tháng 11-2008 và gần đây nhất là trận mưa to ngày 8-5-2009.
Trước khi xảy ra trận lụt lịch sử tháng 11-2008, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn dự báo khả năng Hà Nội sẽ ngập khi mưa lớn do cả khu vực phía tây TP Hà Nội chỉ có một trục tiêu thoát mưa, lũ duy nhất là sông Nhuệ. Còn trên hệ thống sông Tô Lịch, việc tiêu thoát nước mỗi khi có mưa lớn chỉ trông đợi vào hai trạm bơm Yên Sở và Ðông Mỹ.
Ðối với từng đô thị cần phải nghiên cứu phân tích nguyên nhân nào là chủ yếu để có giải pháp hợp lý. Giải pháp tiêu thoát nước đối với TP Hồ Chí Minh mà Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình đã được Chính phủ phê duyệt và đang trong giai đoạn thực hiện. Với Thủ đô Hà Nội, do địa hình thấp hơn mực nước sông trong mùa lũ nên việc tiêu thoát nước chủ yếu dựa vào động lực. Trong trận lụt lịch sử vừa qua, do mưa lớn trên diện rộng, trạm bơm Yên Sở không đủ năng lực tiêu nên đã xảy ra ngập lụt nghiêm trọng. Mưa lớn, quá trình đô thị hóa nhanh, công suất trạm bơm chưa đủ (trạm bơm Yên Sở 45 m3/giây, Ðông Mỹ 11 m3/giây và Ðào Nguyên 16 m3/giây). Hiện tại, Bộ đã hoàn tất quy hoạch và phê duyệt các dự án đầu tư xây dựng trạm bơm với công suất lên tới 445 m3/giây như trạm bơm tiêu Yên Nghĩa 120 m3/giây, Yên Sở 135 m3/giây, Ðông Mỹ 35 m3/giây, Ðào Nguyên và Yên Thái 54 m3/giây, Liên Mạc 175 m3/giây. Ðồng thời, Bộ cũng vừa xây dựng dự án thoát lũ cho sông Nhuệ và sông Tô Lịch, bao gồm cả đoạn thuộc Hà Nội và ở hạ lưu thuộc các tỉnh Hà Nam. Các dự án quy hoạch đã được Bộ cơ bản hoàn thành và hiện đang cho lấy ý kiến một số bộ, ngành có liên quan để triển khai đầu tư.
Theo Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Ðào Xuân Học, ngoài việc chú trọng đến quy hoạch thủy lợi chống ngập úng ở các đô thị lớn, trong những năm tới đây, để thực hiện thắng lợi Nghị quyết T.Ư về nông nghiệp, nông thôn và nông dân, ngành thủy lợi cũng cần thực hiện hàng loạt giải pháp khác như cần coi trọng rà soát, bổ sung quy hoạch thủy lợi cho các lưu vực sông, các vùng kinh tế, bảo đảm tính thống nhất giữa quy hoạch phát triển thủy lợi với phát triển kinh tế - xã hội và các quy hoạch khác có tính đến cả điều kiện biến đổi khí hậu, nước biển dâng. Nâng cấp, hiện đại hóa các hệ thống thủy lợi hiện có để phát huy đến mức cao nhất năng lực thiết kế, đồng thời tập trung đầu tư xây dựng mới các công trình theo hướng đa mục tiêu cấp nước cho các ngành kinh tế, sinh hoạt vùng nông thôn; bảo đảm tiêu thoát nước cho các thành phố lớn, khu công nghiệp và vùng ven biển trong điều kiện biến đối khí hậu, nước biển dâng. Xây dựng các công trình thủy lợi vừa và nhỏ góp phần ổn định đời sống đồng bào miền núi, vùng sâu, vùng xa, vùng thường xuyên bị khô hạn, đặc biệt quan tâm các công trình cấp nước sinh hoạt tại đây. Triển khai thực hiện các giải pháp tưới tiêu tiên tiến, tiết kiệm nước cho các loại cây trồng có giá trị kinh tế cao. Hoàn thiện các văn bản pháp quy trong việc tăng cường chế độ quản lý Nhà nước, kiện toàn tổ chức quản lý thủy lợi, mở rộng xã hội hóa đầu tư. Ðầu tư nghiên cứu khoa học công nghệ và hợp tác quốc tế, đẩy mạnh áp dụng tiến bộ khoa học, kỹ thuật và tìm nguồn vốn đầu tư phát triển thủy lợi.