Trước đó, sáng 19-6, Cảnh sát biển Việt Nam đã phối hợp Bộ đội Biên phòng đảo Thổ Chu (Phú Quốc, Kiên Giang) phát hiện, bắt giữ tám người nước ngoài nghi là toán cướp có vũ trang đã cướp tàu HARMONY quốc tịch Ma-lai-xi-a, chở khoảng 6.000 tấn xăng vào ngày 11-6.
Ngày 13-6, Cảnh sát biển Việt Nam nhận được thông báo từ Trung tâm Điều phối cứu nạn hàng hải và thực thi pháp luật (CNHH và TTPL) trên biển Ma-lai-xi-a về vụ tàu HARMONY, quốc tịch Ma-lai-xi-a chở hơn 6.000 tấn xăng bị mất liên lạc từ ngày 11-6, nghi là bị cướp biển.
Chỉ trong ba ngày, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển đã chỉ đạo các đơn vị và các tàu đang hoạt động trên biển kịp thời phát hiện nắm thông tin liên quan. Đến 17 giờ ngày 17-6, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển nhận được thông báo trực tiếp từ Trung tâm Điều phối CNHH&TTPL trên biển Ma-lai-xi-a về hướng đi và vị trí tàu bị cướp đang hành trình ở vùng biển Tây Nam của Việt Nam.
Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển đã điều động tàu Cảnh sát biển 2002 và tàu Cảnh sát biển 2004 của Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 4 tiến hành tìm kiếm. Đến 18 giờ ngày 18-6, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển tiếp tục nhận được thông tin từ phía Ma-lai-xi-a về vị trí tọa độ tàu HARMONY, cách đảo Thổ Chu của Việt Nam 23 hải lý về phía tây nam (vùng tiếp giáp lãnh hải Việt Nam).
Đến 8 giờ ngày 19-6, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển tiếp tục nhận được thông tin các nghi phạm đã rời tàu HARMONY bằng xuồng cứu sinh của tàu. Trước khi chạy trốn, chúng đã dùng sơn đen sơn phủ số và ký hiệu xuồng cứu sinh để thuận tiện trốn thoát. Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển trực tiếp chỉ đạo hai tàu Cảnh sát biển tiếp tục truy tìm. Đến 9 giờ 30 phút cùng ngày, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển nhận được thông tin từ Đồn Biên phòng Thổ Chu có một xuồng chở tám người nước ngoài khai là bị nạn trên biển vào đảo Thổ Chu. Trước thông tin nêu trên, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển nhận định đây có thể là chiếc xuồng của bọn cướp bỏ chạy từ tàu HARMONY; đã cử lực lượng nghiệp vụ và phiên dịch từ tàu Cảnh sát biển 2002 và Cảnh sát biển 2004 lên đảo Thổ Chu phối hợp Đồn Biên phòng Thổ Chu tiến hành đấu tranh lấy lời khai ban đầu từ các đối tượng nghi là cướp có vũ trang trên biển.
Qua tìm hiểu, Cảnh sát biển nhận định, vụ tàu HARMONY bị cướp có khả năng do các đối tượng thuộc khu vực Đông-Nam Á thực hiện. Sau khi lên tàu HARMONY, nhóm cướp dùng súng và dao khống chế thuyền viên, bắn bị thương một thủy thủ và đánh bị thương 11 thủy thủ khác. Trước khi rời tàu, bọn chúng đã lấy đi tiền bạc và tài sản cá nhân.
Do bị các lực lượng của Ma-lai-xi-a và Cảnh sát biển Việt Nam truy đuổi, tám tên cướp biển đã lấy hết tài sản gồm điện thoại, tiền, đồng hồ của các thuyền viên, sơn lại số xuồng và trốn chạy khỏi tàu. Khi lên đảo Thổ Chu, những người này đã khai với Bộ đội Biên phòng là đi câu bị tai nạn. Song song với quá trình đấu tranh, Bộ Tư Lệnh Cảnh sát Biển đã gửi ảnh chiếc xuồng và tám đối tượng cho Cảnh sát biển Ma-lai-xi-a để đối chiếu, xác minh. Phía Ma-lai-xi-a đã xác nhận chiếc xuồng là thuộc tàu bị cướp và tám đối tượng chính là những kẻ trực tiếp cướp chiếc tàu HARMONY.
