Theo đó, Ủy ban Kiểm tra Thành ủy xử lý kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo về đảng đối với ông Trần Phước Hoàng, Chánh Thanh tra TP Cần Thơ và ông Bùi Xuân Thành, thanh tra viên chính, thuộc văn phòng (thời điểm xảy ra sai phạm ông Thành là Trưởng phòng 3).
Liên quan sai phạm trên, Đảng ủy Khối cơ quan Dân-Chính-Đảng TP Cần Thơ cũng kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo đối với ông Lê Văn Bé Tám, Trưởng phòng Thẩm định Sở Kế hoạch và Đầu tư, ông Phạm Minh Đức, nguyên chuyên viên Phòng Thẩm định Sở Kế hoạch và Đầu tư và Nguyễn Thị Phương Dung, Trưởng phòng Tài chính đầu tư, Sở Tài chính.
Ngày 23/9/2019, ông Trần Phước Hoàng (Chánh Thanh tra TP Cần Thơ) ký Quyết định số 229/QĐ-TTr về việc thanh tra sử dụng quỹ bảo hiểm y tế, mua sắm trang thiết bị y tế. Trong đó, ông Bùi Xuân Thành (Trưởng phòng 3) làm Trưởng đoàn Thanh tra.
Ngày 12/5/2020, Thanh tra TP Cần Thơ có Kết luận thanh tra số 545/KL-TTr, trong đó có 4 gói thầu Công ty NSJ và Công ty Bình An trúng thầu. Thanh tra xác định có sai phạm trong việc lập dự toán và thẩm định giá theo các quy định của pháp luật.
Tuy nhiên, Thanh tra đã có các yêu cầu định giá gửi Sở Tài chính TP Cần Thơ, các đơn vị thẩm định giá nhưng các đơn vị thẩm định giá này từ chối yêu cầu hoặc không định giá được nên tại thời điểm thanh tra chưa có cơ sở để xác định sai phạm liên quan việc thẩm định giá các thiết bị y tế tại 4 gói thầu này.
Quá trình điều tra xác định, ngày 18 và 27/3/2020, Thanh tra TP Cần Thơ có công văn đề nghị Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư cung cấp 6 tờ khai nhập khẩu liên quan 6 gói thầu tại Bệnh viện Nhi (trong đó có gói thầu Hệ thống CT 128 lát cắt).
Sau khi nhận được tài liệu từ Hải quan, Chánh Thanh tra bút phê chuyển Phòng 3 thực hiện. Ông Bùi Xuân Thành, Trưởng phòng 3 nhận và bút phê chuyển cho Nguyễn Thanh Phong, nhân viên Phòng 3. Phong khai sau khi nhận đã chuyển cho Trần Văn Hưng, thanh tra viên phụ trách. Tuy nhiên, Hưng khai không nhớ đã nhận văn bản và tài liệu nêu trên hay chưa vì không có biên bản bàn giao.
Do bị thất lạc tài liệu và không thẩm định được giá thiết bị y tế của 4 gói thầu, nên Thanh tra TP Cần Thơ không có cơ sở kiến nghị xử lý.
Hành vi của ông Trần Phước Hoàng, ông Bùi Xuân Thành và cấp dưới có dấu hiệu thiếu trách nhiệm dẫn đến không phát hiện sai phạm và kiến nghị xử lý theo quy định. Tuy nhiên không xác định được hậu quả thiệt hại do hành vi thanh tra này nên không đủ căn cứ xử lý hình sự đối với ông Trần Phước Hoàng và ông Bùi Xuân Thành nhưng cần xem xét xử lý nghiêm khắc về Đảng và chính quyền đối với 2 cá nhân này.
Ngoài ra, những cá nhân Sở Kế hoạch và Đầu tư và Sở Tài chính chủ trì, tham gia ý kiến trong việc thẩm định chủ trương đầu tư, quyết định dự án và dự toán nhưng đã tin tưởng các đơn vị thẩm định, tài liệu và đề xuất của Sở Y tế. Từ đó dẫn đến không phát hiện các vi phạm.
