Chùa Vàng nằm trong cụm di tích lịch sử văn hóa-nghệ thuật kiến trúc đình chùa Vàng, trong đó, đình Vàng là nơi thờ vị thần có công giúp Hai Bà Trưng đánh đuổi giặc Hán. Theo Trụ trì Thích Thanh Tâm, chùa Vàng có từ thời Lê với nhiều bia đá ghi lại lịch sử, trong đó, bia sớm nhất có niên đại Long Đức 1734. Chùa nổi tiếng với nhiều mảng chạm khắc đẹp và có tượng cổ. Với giá trị lịch sử, văn hóa và kiến trúc, năm 1995, đình chùa Vàng được Bộ Văn hóa - Thông tin xếp hạng di tích quốc gia. Điều 2 Quyết định số 65-QĐ/BT ngày 16/4/1995 xếp hạng di tích quy định rõ: “Nghiêm cấm mọi hoạt động khai thác, xây dựng trong khu vực bảo vệ của di tích đã khoanh vùng. Trường hợp đặc biệt sử dụng đất đai ở di tích lịch sử văn hóa danh lam thắng cảnh, phải được phép của Bộ trưởng Văn hóa - Thông tin”.
Điều 32 Luật Di sản văn hóa và Mục 13 điều 1 Luật sửa đổi bổ sung Luật Di sản văn hóa nêu rõ:
Các khu vực bảo vệ di tích bao gồm:
Khu vực bảo vệ I là vùng có các yếu tố gốc cấu thành di tích.
Khu vực bảo vệ II là vùng bao quanh hoặc tiếp giáp khu vực bảo vệ I.
Trong Biên bản đề nghị xếp hạng di tích cho đình chùa Vàng ngày 14/10/1994, đã khoanh vùng bảo vệ khu vực I có diện tích 4.752 m2, phía đông giáp nhà dân; phía tây giáp kho hợp tác xã; phía nam giáp đường và nhà dân; phía bắc giáp mương tưới của huyện. Khu vực II bao gồm các thửa đất của Kho hợp tác xã với diện tích 1.297 m2. Những người đại diện của các cơ quan liên quan ký văn bản là: ông Vũ Mạnh Kha - Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội; ông Lương Viên - Phó Giám đốc Sở Văn hóa và Thông tin Hà Nội; ông Nguyễn Doãn Tuân - Phó Trưởng ban Ban Quản lý di tích và danh thắng TP Hà Nội; Đại diện Phòng bảo tồn bảo tàng Bộ Văn hóa-Thông tin; ông Trần Đức Hiền - Phó Chủ tịch UBND huyện Gia Lâm; ông Đinh Văn Luyến - Trưởng phòng Văn hóa-Thông tin huyện Gia Lâm; ông Lê Gần - Phó Chủ tịch UBND xã Cổ Bi; bà Hoàng Thị Nhiên - Đảng ủy viên xã Cổ Bi; ông Nguyễn Văn Dụ - Phụ trách địa chính xã Cổ Bi; ông Nguyễn Đức Dục - Chủ tịch Mặt trận Tổ quốc xã Cổ Bi cùng các đại diện ban ngành…
Khu vực khoanh vùng bảo vệ di tích này kế thừa và tuân theo Bản đồ khoanh vùng bảo vệ di tích đình và chùa thôn Vàng, xã Cổ Bi, huyện Gia Lâm, TP Hà Nội vẽ năm 1974.
Năm 2017, UBND huyện Gia Lâm cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho đình Vàng với diện tích 2.962,4 m2. Ngày 27/12/2019, TP Hà Nội có Quyết định 7331/QĐ-UBND giao 2.761,3 m2 cho chùa Vàng. Ngày 22/1/2020, Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho chùa Vàng.
Thế nhưng, ngày 9/12/2020, Tiểu ban Quản lý di tích, lãnh đạo thôn Vàng cùng một số người dân thôn Vàng đã kéo đến chặt cây, phá tường chùa Vàng, xâm phạm vào khu vực II của di tích quốc gia chùa Vàng. Sau đó, họ đổ đất, cho xây tường giật lùi vào phía trong khu vực đất thuộc khu vực II di tích gần 2m, kéo dài hơn 70 m. Ngày 15/1/2021, đại diện lãnh đạo xã Cổ Bi, Phòng Văn hóa-Thể thao huyện Gia Lâm, cán bộ quản lý trật tự xây dựng đô thị huyện Gia Lâm, công chức địa chính xã Cổ Bi đã tiến hành lập Biên bản với các ông: Hoàng Đình Hội - Trưởng Tiểu ban quản lý di tích; Nguyễn Doãn Tuệ - Bí thư chi bộ thôn Vàng; Nguyễn Hữu Tám - Trưởng thôn Vàng 4; Trần Văn Cường - Trưởng thôn Vàng I; Nguyễn Huy Tôn - Trưởng thôn Vàng 2.
Ngày 15/1/2021, bà Nguyễn Thị Hương Trà - công chức văn hóa-xã hội phụ trách công tác Văn hóa-Thông tin xã Cổ Bi có văn bản báo cáo đề xuất xử lý với hành vi xâm phạm di tích chùa Vàng gửi Chủ tịch UBND xã Cổ Bi.
Ngày 16/1/2021, ông Đinh Xuân Dương - công chức Đội Quản lý trật tự xây dựng đô thị huyện Gia Lâm có văn bản báo cáo đề xuất xử lý sai phạm xâm hại vào khu vực di tích chùa Vàng gửi Chủ tịch xã Cổ Bi.
Tuy nhiên, cho đến nay, những vi phạm này vẫn chưa hề được xử lý.
Vì không bị xử lý, một số người xâm hại di tích được thể lại kiến nghị chính quyền xã Cổ Bi cho dùng khu vực II thành đất công, thành sân chơi thể thao. Trong khi như ông Nguyễn Huy Khải (85 tuổi) người dân thôn Vàng nói: “Thôn Vàng đã có sân bóng rộng hàng mẫu ở khu nhà văn hóa rồi, còn chiếm đất chùa làm gì nữa”.
Nhưng thật đáng buồn là, UBND huyện Gia Lâm, thay vì chỉ đạo xử lý sai phạm, lại có Công văn số 3370/UBND-TN&MT ngày 18/10/2021 gửi Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội đề nghị thu hồi đất thuộc khu vực II này của di tích.
Ngày 27/12/2021, rất nhiều người dân làng Vàng đã cùng nhau ký đơn kiến nghị gửi đi các nơi để kêu gọi bảo vệ chùa Vàng, bảo vệ di tích không bị xâm hại.
Trước những diễn biến nêu trên, dư luận mong muốn cơ quan chức năng sớm vào cuộc thanh tra, giải quyết dứt điểm vụ việc xâm hại di tích này theo đúng quy định của pháp luật.