Đề án nhằm thực hiện mục tiêu quy định tại Nghị quyết số 33/NQ-CP ngày 19-5-2019 của Chính phủ về thí điểm tự chủ của bốn bệnh viện thuộc Bộ Y tế (Nghị quyết số 33); đặc biệt là hạn chế tối đa tình trạng lạm dụng các dịch vụ, thuốc, vật tư, xét nghiệm không cần thiết để tăng thu; giảm tỷ lệ giường bệnh điều trị theo yêu cầu; tiết kiệm chi từ bảo hiểm y tế và từ người bệnh; nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh; tiến tới thực hiện việc chăm sóc toàn diện, giải quyết tình trạng quá tải. Từng bước xây dựng bệnh viện hiện đại ngang tầm với các bệnh viện uy tín trong khu vực và trên thế giới, thực hiện tốt vai trò bệnh viện tuyến cuối trong chuyên khoa ung bướu.
Đồng thời, phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao đáp ứng yêu cầu khám bệnh, chữa bệnh và các hoạt động chuyên môn khác của bệnh viện; quản lý, sử dụng hiệu quả vốn và tài sản của bệnh viện, không để thất thoát, lãng phí; thực hiện quản trị bệnh viện theo hướng hiện đại, minh bạch, tăng trách nhiệm giải trình. Ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý toàn diện hoạt động của Bệnh viện, đáp ứng yêu cầu của cơ quan quản lý nhà nước và Bảo hiểm xã hội Việt Nam.
Quyết định nêu rõ, tự chủ về thực hiện nhiệm vụ chuyên môn: Thực hiện theo quy định tại Nghị quyết 33 và quy định của pháp luật.
Tự chủ về tổ chức bộ máy và nhân sự: Thực hiện theo quy định tại Nghị quyết số 33, Nghị quyết số 117/NQ-CP ngày 9-12-2019 của Chính phủ về phiên họp Chính phủ thường kỳ tháng 11-2019 và quy định của pháp luật.
Hội đồng quản lý bệnh viện (Hội đồng quản lý) là cơ quan quản lý cao nhất của bệnh viện, gồm 11 thành viên. Khi bắt đầu thực hiện thí điểm, Bộ trưởng Bộ Y tế chỉ định thành viên Hội đồng quản lý và Chủ tịch Hội đồng quản lý trên cơ sở đề xuất của Bệnh viện K. Trong thời hạn sáu tháng, Hội đồng quản lý quyết nghị trình Bộ trưởng Bộ Y tế phê chuẩn: Quy chế hoạt động của Hội đồng quản lý, thành viên Hội đồng quản lý, Giám đốc, Phó Giám đốc bệnh viện.
Hội đồng quản lý có các chức năng, nhiệm vụ quy định tại Nghị quyết số 33 và quy định tại Quy chế hoạt động của Hội đồng quản lý.
Tự chủ về đầu tư, mua sắm và quản lý tài sản: Việc đầu tư, mua sắm, quản lý và sử dụng tài sản thực hiện theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm đầu tư công), quản lý, sử dụng tài sản công và Nghị quyết số 33.
Tự chủ về tài chính, tiền lương, giá dịch vụ y tế: Bệnh viện thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định của pháp luật về đơn vị sự nghiệp công và Nghị quyết số 33. Phân phối kết quả tài chính trong năm bảo đảm công khai, minh bạch, tăng tỷ lệ trích Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp và Quỹ hỗ trợ người bệnh.
Bệnh viện được Nhà nước tiếp tục bố trí vốn để hoàn thành các dự án đầu tư công thuộc kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020.