Sau khi nghe báo cáo của các bộ ngành, phát biểu của các cơ quan liên quan, ý kiến của Phó Thủ tướng Lê Minh Khái và Lê Văn Thành, Thủ tướng Phạm Minh Chính đã kết luận theo hướng như sau.
Tổ chức thực hiện nghiêm theo các kết luận, chỉ đạo của Ban Bí thư, của Thường trực Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ với mục tiêu là phải xử lý những vướng mắc, hạn chế, những khó khăn, bất cập để sớm đưa dự án vào khai thác, sử dụng, tránh lãng phí nguồn lực của Nhà nước, tiền của công sức của nhân dân đã bỏ ra. Dự án thua lỗ, yếu kém này gây bức xúc trong nhân dân.
Trong các kiến nghị mà Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam (PVN) đề xuất, có 4 kiến nghị thuộc thẩm quyền của PVN, Thủ tướng đề nghị Ủy ban Quản lý vốn nhà nước chỉ đạo PVN xử lý giải quyết theo thẩm quyền và chịu trách nhiệm về các quyết định của mình.
Với 3 kiến nghị tiếp theo (về thu hồi tạm ứng hợp đồng EPC; phạt hợp đồng; chi phí quản lý mua sắm thiết bị của tổng thầu), Thủ tướng yêu cầu phải làm rõ cơ sở chính trị, cơ sở pháp lý, cơ sở thực tiễn cũng như nguồn lực về tài chính cần thiết để trên cơ sở đó, đề xuất các giải pháp theo thẩm quyền của các cấp.
Các nội dung vướng mắc cụ thể, cần tập trung xử lý theo hai phương án: Phương án 1 do PVN đề xuất cấp có thẩm quyền một số cơ chế đặc thù; phương án 2 giải quyết theo một gói tài chính cụ thể do cấp có thẩm quyền xem xét và quyết định. Thủ tướng yêu cầu phân tích kỹ ưu điểm, nhược điểm của hai phương án này và thể hiện chính kiến PVN chọn phương án nào.
Đặc biệt, Thủ tướng Chính phủ lưu ý phải quan tâm giải quyết những khó khăn do tác động của dự án với cán bộ, công nhân viên chức, người lao động. Trước mắt, PVN nghiên cứu giải quyết ngay các chế độ, chính sách theo quy định từ nguồn hợp pháp. Về lâu dài, PVN nghiên cứu kỹ, đề xuất giải pháp căn cơ trong quá trình thực hiện dự án.
Về tổ chức thực hiện, Thủ tướng đề nghị cân nhắc lập một tổ công tác đặc biệt nếu cần thiết. Đồng thời, Thủ tướng giao Phó Thủ tướng Lê Văn Thành trực tiếp xử lý kịp thời, có hiệu quả các tồn đọng, vướng mắc của dự án theo thẩm quyền, những nội dung vượt thẩm quyền thì báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
Thủ tướng nêu rõ quan điểm bảo vệ những người dám nghĩ, dám làm, dám chịu trách nhiệm, không có động cơ cá nhân, mục đích xấu, không tham nhũng, tiêu cực trong quá trình xử lý, giải quyết những vấn đề liên quan dự án.