Nội dung này có 18 vận động viên tranh tài, chia làm ba lượt thi và chọn tám vận động viên có thành tích tốt nhất vào chung kết. Thanh Tùng được xếp ở làn bơi số 2 trong lượt thi thứ hai, năm kình ngư còn lại là các đối thủ mạnh của đoàn Trung Quốc, Brazil và đoàn trung lập - Nga.
Thanh Tùng về cuối trong sáu vận động viên với thành tích 53 giây 75, cách biệt 17 giây so với người đứng đầu. Kết quả của Thanh Tùng cũng không được công nhận khi anh bị đánh dấu phạm quy, qua đó vận động viên Việt Nam không thể vào vòng chung kết nội dung.
Một ngày thi đấu khá đáng tiếc cho tay bơi 36 tuổi. Ở Paralympic Rio 2016 tại Brazil 5 năm trước, anh vào đến chung kết nội dung này và xếp hạng 7 với thành tích rất tốt, 39 giây 44. Theo thời gian, thể lực của vận động viên gần 40 tuổi có lẽ đã không còn được như trước.
Như vậy, Thanh Tùng đã hoàn thành ba nội dung là 200m tự do, 100m tự do và 50m bướm hạng S5 và đều dừng bước ở vòng loại. Võ Thanh Tùng vẫn còn thi đấu hai nội dung nữa là 50m ngửa S5 (ngày 30/8) và 50m tự do S5 (ngày 1/9) - nội dung anh đã giành Huy chương Bạc tại Rio 2016.
