Theo phương án đề xuất, mạng lưới đường sắt qua Thủ đô sẽ được tái cấu trúc mạnh mẽ nhằm gắn kết phát triển giao thông đô thị với hệ thống đường sắt quốc gia. Đáng chú ý, tuyến đường sắt Bắc - Nam đoạn từ ga Hà Nội đến tổ hợp Ngọc Hồi sẽ được chuyển thành đường sắt đô thị ngay sau khi tuyến vành đai phía Đông (đoạn chính từ Ngọc Hồi đến Kim Sơn kết nối Hà Nội với Hưng Yên) đi vào khai thác. Ngoài ra, các đoạn Ngọc Hồi - Yên Viên và Gia Lâm - Lạc Đạo cũng được đề xuất chuyển đổi công năng tương tự, trong khi đoạn Ngọc Hồi - Phú Xuyên sẽ dịch chuyển đi chung hành lang với tuyến đường sắt tốc độ cao trục Bắc - Nam.