Bộ Y tế là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực: Y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; giám định y khoa, pháp y, pháp y tâm thần; bà mẹ, trẻ em; dân số; phòng, chống tệ nạn xã hội (trừ nhiệm vụ cai nghiện ma túy và quản lý sau cai nghiện ma túy); bảo trợ xã hội; y, dược cổ truyền; dược, mỹ phẩm; an toàn thực phẩm; thiết bị y tế; bảo hiểm y tế và quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ Y tế.
Về cơ cấu tổ chức, Bộ Y tế có 20 đơn vị. Trong đó có 17 tổ chức hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; 3 đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ.