Theo kết quả xét nghiệm của Trung tâm Chẩn đoán và xét nghiệm thú y Trung ương I, các mẫu cá đều âm tính với bệnh hoại tử thần kinh và bệnh do vi rút TiLV. Trên cơ sở đó, Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Quảng Trị xác định hiện tượng cá chết hàng loạt không phải do dịch bệnh.
Tuy nhiên, kết quả quan trắc cho thấy chất lượng nguồn nước đang có vấn đề khi hàm lượng dinh dưỡng và chất hữu cơ tăng mạnh so với cùng kỳ các năm trước.