Xác định cáo trạng truy tố các bị cáo là có căn cứ, đúng pháp luật và lời khai nhận tội tại phiên tòa phù hợp các chứng cứ, tài liệu có trong hồ sơ vụ án, Hội đồng xét xử sơ thẩm quyết định tuyên phạt bị cáo Cao Minh Quang, nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế 30 tháng tù, nhưng cho hưởng án treo về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Cũng với tội danh trên, bị cáo Dương Huy Liệu, nguyên Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế bị tuyên phạt 24 tháng tù (hưởng án treo); Phạm Thị Minh Nga (nguyên chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế, cựu Kế toán trưởng Ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A/H5N1, Bộ Y tế) bị tuyên phạt 15 tháng tù (hưởng án treo); bị cáo Nguyễn Nam Liên, nguyên Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế, nguyên Phó Trưởng ban Ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A/H5N1, Bộ Y tế bị tuyên phạt 24 tháng tù và bị cáo Nguyễn Việt Hùng, nguyên Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế phải nhận 30 tháng tù.
Với tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, bị cáo Lương Văn Hóa, nguyên Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long bị tuyên phạt 9 năm tù; Nguyễn Văn Thanh Hải, nguyên Kế toán trưởng Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long bị tuyên phạt 6 năm tù và Ngô Hữu Hiếu Nghĩa, nguyên Giám đốc chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long bị tuyên phạt 5 năm tù.
Về trách nhiệm dân sự, Hội đồng xét xử sơ thẩm Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên buộc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long phải bồi thường cho Bộ Y tế số tiền hơn 3,8 triệu USD, tương đương 61 tỷ đồng.
