Cách trung tâm thành phố Tuy Hòa (cũ) khoảng 20km, quần thể danh thắng quốc gia Hòn Yến sở hữu một kiệt tác thiên nhiên hiếm có. Hằng tháng, vào những ngày thủy triều rút sâu, thảm san hô rực rỡ phân bố trên diện tích hơn 12,7ha vươn mình ẩn hiện trong làn nước cạn.

Theo Thường trực Tỉnh ủy Khánh Hòa, việc suy giảm phần lớn rạn san hô tại khu bảo tồn biển Hòn Mun là một quá trình chịu tác động tích lũy từ nhiều năm, gồm cả nguyên nhân khách quan và chủ quan.