Theo đó, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thỏa thuận Dự án tu bổ di tích Chùa Cầu, gồm gia cố nền móng, trụ cầu; tu bổ hệ dầm sàn, khung gỗ, mái và kết cấu bao che Chùa Cầu; cải tạo hệ thống điện, chiếu sáng; chống mối công trình; lắp đặt nhà bao che, bảo quản và gia công cấu kiện; số hóa di tích bằng công nghệ 3D phục vụ tu bổ di tích.
Tuy nhiên, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch cũng lưu ý địa phương một số vấn đề. Bộ yêu cầu bổ sung thuyết minh nội dung hiện trạng và giải pháp sơn thếp trên các bộ phận công trình; quá trình biến đổi của công trình qua các giai đoạn liên quan đến các giá trị kiến trúc, thẩm mỹ của công trình. Khảo sát sự ảnh hưởng từ dòng chảy của các đợt lũ lụt tác động đến sự ổn định của trụ cầu và đề xuất giải pháp bảo vệ phần cấu kiện gỗ của cầu bị ngập trong nước. Bổ sung nội dung tính toán (theo quy định của pháp luật về xây dựng) đối với phương án đổ bê tông (dày 1m) gia cố bao quanh móng và trụ cầu bảo đảm tính khả thi, tránh những tác động đến độ ổn định của trụ cầu và cảnh quan xung quanh (vào thời điểm mực nước thấp nhất).
Đối với thiết kế cơ sở của Dự án, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đề nghị các bản vẽ hiện trạng di tích cần có chỉ định đối với cấu kiện gỗ đã có sự biến đổi lớn về hình dáng, kích thước, cũng như màu sơn, sai khác với cấu kiện gỗ cổ. Xem xét, bổ sung khảo sát chi tiết nền móng khu vực hai đầu cầu tiếp giáp với đường giao thông và đề xuất giải pháp tu bổ toàn diện kiến trúc công trình khu vực hai đầu cầu. Điều chỉnh phương án thiết kế công trình nhà bao che bảo quản, gia công cấu kiện theo hướng: khu vực gia công, bảo quản thiết kế 1 tầng; mở thoáng một số khu vực (không bao che kín) để tạo sự hài hòa với không gian cảnh quan xung quanh, cũng như tạo điều kiện cho người dân và du khách có thể quan sát (một cách trực quan), tìm hiểu hoạt động tu bổ di tích, qua đó góp phần tuyên truyền, quảng bá Dự án.
Bộ cũng lưu ý, Chùa Cầu là công trình quan trọng thuộc Di sản Văn hóa Thế giới Đô thị cổ Hội An, do đó, nội dung Dự án cần được thông tin đầy đủ tới Ủy ban quốc gia UNESCO Việt Nam và Văn phòng UNESCO Việt Nam tại Hà Nội.
