Theo cáo trạng, giữa năm 2017, Vũ bị Cơ quan an ninh điều tra Bộ Công an điều tra về những sai phạm trong vụ án cố ý làm lộ bí mật nhà nước và những hành vi vi phạm pháp luật khác liên quan đến việc mua bán, chuyển nhượng nhà, đất công sản tại TP Đà Nẵng và một số địa phương. Do lo sợ bị pháp luật xử lý, Phan Văn Anh Vũ nhờ Hồ Hữu Hòa tiếp cận với ông Nguyễn Duy Linh để nhờ giúp đỡ, tìm hiểu thông tin. Đồng thời, Vũ nhờ Hòa chuyển quà và tiền trị giá nhiều tỷ đồng cho ông Linh.
Sau khi tiếp cận và nhờ ông Linh "giúp đỡ" trong quá trình bị xử lý, Phan Văn Anh Vũ đã bỏ trốn sang Singapore. Cáo trạng xác định, việc Vũ bỏ trốn xuất phát từ việc Nguyễn Duy Linh thông tin cho biết Vũ có thể bị khởi tố, bắt giam. Cơ quan điều tra đã thu thập tài liệu, chứng cứ và xác định được toàn bộ diễn biến sự việc của các hành vi đưa hối lộ, nhận hối lộ và môi giới hối lộ giữa Phan Văn Anh Vũ, Nguyễn Duy Linh và Hồ Hữu Hòa.
Cũng theo cáo trạng, quá trình điều tra bị can Phan Văn Anh Vũ có thay đổi lời khai, bị can Nguyễn Duy Linh không nhận tội. Tuy nhiên kết quả điều tra của cơ quan điều tra đã thu thập các tài liệu chứng cứ hoàn toàn khách quan, phù hợp diễn biến sự việc, phù hợp với động cơ, mục đích của người đưa hối lộ, người môi giới hối lộ và người nhận hối lộ. Viện kiểm sát cho rằng đủ căn cứ xác định bị can Phan Văn Anh Vũ đã chuyển 5 tỷ đồng cho Hồ Hữu Hòa để đưa cho Nguyễn Duy Linh.
