Trường đại học Khoa học Tự nhiên (ĐHKHTN) là trường đại học đầu tiên ở Việt Nam và Đông-Nam Á thực hiện kiểm định, đạt chuẩn chất lượng cấp trường theo bộ tiêu chuẩn của Mạng lưới các trường đại học Đông-Nam Á (AUN-QA). Với việc được công nhận đạt chuẩn chất lượng cấp trường của Mạng lưới các trường đại học Đông-Nam Á, Trường ĐHKHTN đã đạt được một dấu mốc quan trọng, khẳng định đã đạt được chuẩn mực khu vực và quốc tế. Đây là yêu cầu quan trọng đối với các cơ sở đào tạo trong quá trình cải tiến và nâng cao chất lượng, hội nhập và quốc tế hóa giáo dục.
Trong năm 2017, mạng lưới AUN đã tiến hành kiểm định chất lượng cấp trường theo bộ tiêu chuẩn AUN - QA cho bốn trường đại học, bao gồm: Trường ĐHKHTN (Đại học Quốc gia Hà Nội); Trường ĐH De La Salle (Philippines); Trường ĐH Univesitas Indonesia (Indonesia); Trường ĐH Bách khoa (ĐHQG TP Hồ Chí Minh).
PGS,TS Nantana Gajaseni đánh giá cao sự chuẩn bị kỹ lưỡng và đóng góp đáng kể cho cuộc kiểm định cấp trường đầu tiên của AUN của Trường ĐHKHTN vào tháng 1-2017 và cho rằng: "Chứng nhận ngày hôm nay là thành quả xứng đáng cho những nỗ lực của Trường ĐHKHTN".
"Đây là minh chứng khẳng định chất lượng của Trường ĐHKHTN đã đạt được các chuẩn mực khu vực và quốc tế, là dấu mốc quan trọng trên hành trình đưa Trường trở thành một đại học nghiên cứu tiên tiến trong tương lai" - PGS,TS Nguyễn Văn Nội, Hiệu trưởng Trường ĐHKHTN phát biểu tại lễ công bố quyết định và trao chứng nhận.
Trường ĐHKHTN phấn đấu trở thành trường đại học nghiên cứu thuộc nhóm 100 trường đại học hàng đầu châu Á vào năm 2020 và một số lĩnh vực đạt trình độ tiên tiến của châu Á vào năm 2030. Trường đã ưu tiên lựa chọn kiểm định chất lượng cấp chương trình đào tạo và cấp trường theo bộ tiêu chuẩn của AUN-QA. Từ năm 2012 đến nay, Trường đã có tám chương trình đào tạo bậc cử nhân của cả tám khoa trong Trường được kiểm định chất lượng theo bộ tiêu chuẩn này.
