Âm thầm lĩnh án, từ một cầu thủ ngôi sao của đội tuyển U23 Việt Nam, Thành bị đưa lên Miếu Môn lĩnh án... cắt cỏ, làm tạp vụ. Quãng thời gian gần ba năm bị treo giò ấy Thành đã nếm trải mọi đắng cay. Nhờ "cải tạo tốt" Thành được rút ngắn thời gian treo giò xuống còn 2,5 năm, anh rời Thể Công về đầu quân cho Bình Dương.
Nhanh chóng lấy lại phong độ, Thành được gọi trở lại đội tuyển quốc gia vào năm 2006 chuẩn bị cho Giải vô địch Ðông-Nam Á. Tại đây, anh gặp lại HLV A. Riedl, hai thầy trò nhìn nhau mà mỗi người có một suy nghĩ riêng. Chính HLV A. Riedl đã tới bắt tay Thành và chủ động cải thiện mối quan hệ, họ gần gũi nhau hơn rồi Thành cũng dần trút bỏ những mặc cảm một thời.
Ở đội tuyển quốc gia lẫn trong mầu áo Bình Dương, Như Thành luôn là chốt chặn hiệu quả. Tuy nhiên, vị trí trung vệ ít khi được đánh giá cao khi đội bóng giành thắng lợi song lại luôn bị chỉ trích nặng nề nhất sau mỗi trận thua. Những đặc trưng của vai trò ấy, cộng với quãng thời gian bị kỷ luật đã khiến Thành từng trải hơn, kiệm lời hơn, chững chạc hơn.
Ðể nhìn nhận một cách khách quan về những đóng góp của Vũ Như Thành cho đội tuyển quốc gia thời gian qua, chỉ cần nhìn vào danh sách những ứng cử viên Quả bóng Vàng châu Á do tạp chí uy tín bậc nhất ở châu Á là Super có trụ sở tại Ðu-bai (UAE) giới thiệu. Cuộc bình chọn do cựu trọng tài nổi tiếng người Italy, Pierluigi Collina, làm Chủ tịch Ban giám khảo. 121 chuyên gia bóng đá hàng đầu đến từ 73 quốc gia của châu Á, châu Phi, châu Âu và Australia đã giới thiệu bản danh sách sơ bộ với 43 cầu thủ cho châu Á, 24 cầu thủ cho khu vực châu Phi và 24 cầu thủ ở khối Ả Rập để bầu chọn Quả bóng Vàng theo từng vị trí địa lý. Trong bản danh sách 43 cầu thủ châu Á, Việt Nam chỉ có duy nhất Vũ Như Thành, ngay cả cầu thủ được bầu chọn là xuất sắc nhất Giải vô địch Ðông-Nam Á 2008 Dương Hồng Sơn cũng không có tên.
Trong đêm trao giải Quả bóng Vàng Việt Nam năm 2008, huấn luyện viên Calisto đã công khai bày tỏ việc ông bầu chọn danh hiệu Quả bóng Vàng Việt Nam cho Vũ Như Thành. Chính ông là người rất am hiểu về học trò của mình. Trước thềm Giải vô địch bóng đá Ðông-Nam Á, Thành bị chấn thương và khả năng dự giải là không nhiều nhưng anh vẫn không về địa phương mà kiên trì ở lại tập luyện cùng đồng đội. Lá phiếu bầu của ông Calisto có thể xem là một phần thưởng riêng cho ý thức và hiệu quả công việc của Vũ Như Thành ở đội tuyển bóng đá Việt Nam. Ở cấp độ câu lạc bộ, Vũ Như Thành đã cùng đội Bình Dương hai lần vô địch quốc gia năm 2007, 2008, đoạt Siêu cúp quốc gia, điều mà cả Quả bóng Vàng Dương Hồng Sơn lẫn Quả bóng Ðồng Lê Công Vinh (cùng đang chơi cho CLB T&T Hà Nội) đang mơ ước.