Trong đó, một số cơ chế chính sách được ban hành không đồng bộ khiến cho các trường NCL hoạt động khó khăn. Trong số 80 trường ÐH, CÐ NCL vẫn còn có trường khó khăn, không tuyển sinh được; cơ sở vật chất sau gần 20 năm hoạt động vẫn chủ yếu chỉ đi thuê mượn, không có trụ sở riêng như cam kết khi thành lập.
Theo Thứ trưởng Giáo dục và Ðào tạo (GD và ÐT) Bùi Văn Ga, dự kiến đầu năm 2014 sẽ xây dựng Khung trình độ quốc gia chỉ rõ năng lực đào tạo từng cấp, bậc học để nhân lực cạnh tranh được với thị trường lao động. Các trường dù công lập (CL) hay NCL cũng phải đào tạo theo chuẩn mực, khung trình độ. Mặt khác, Bộ GD và ÐT đang soạn thảo và trình Chính phủ ban hành về phân tầng giáo dục ÐH không phân biệt trường CL hay NCL.