Theo Vụ Giáo dục thể chất, Bộ Giáo dục và Đào tạo, kết quả khảo sát tại các địa phương cho thấy, cả nước có 40.493 cơ sở giáo dục mầm non, phổ thông, nhưng chỉ 74,9% trong số này có nhân viên y tế trường học, hơn 25% cơ sở giáo dục vẫn chưa có nhân viên y tế trường học. Đội ngũ nhân viên y tế trường học cũng chỉ có 53,7% là biên chế, hơn 21% hợp đồng. Số trường có cán bộ làm công tác y tế trường học có trình độ chuyên môn bảo đảm theo quy định (từ y sĩ trở lên) chỉ đạt khoảng 30%.
Đáng chú ý, việc vắng bóng nhân viên y tế trường học chủ yếu là ở cấp học mầm non.
Theo Bộ GD-ĐT, những khó khăn, bất cập chủ yếu trong công tác y tế trường học có thể kể đến là: Đội ngũ cán bộ y tế trường học vừa thiếu vừa yếu, chưa được đãi ngộ thỏa đáng, đầu tư cho giáo dục, bảo vệ, chăm sóc sức khỏe trẻ em và học sinh hằng năm chưa được quan tâm đúng mức, nguồn kinh phí dành cho y tế trường học còn thiếu, sự phối hợp liên ngành trong triển khai hoạt động y tế trường học ở nhiều địa phương chưa hiệu quả.
Để kịp thời khắc phục những khó khăn, vướng mắc trong công tác chăm sóc sức khỏe học sinh tại các cơ sở giáo dục, thời gian tới, bên cạnh việc tìm kiếm các mô hình triển khai chăm sóc sức khỏe học sinh, sinh viên, Bộ GD-ĐT cho biết sẽ rà soát lại đội ngũ nhân viên y tế trường học, tìm cơ chế chính sách, bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn cho đội ngũ cán bộ quản lý và chuyên trách y tế trường học, tăng cường đầu tư cơ sở vật chất đáp ứng yêu cầu chăm sóc sức khỏe ban đầu cho học sinh, sinh viên...
