BQLKKT được tổ chức trên cơ sở sáp nhập Ban quản lý các khu công nghiệp tỉnh Lào Cai và Ban quản lý các cửa khẩu tỉnh Lào Cai.
BQLKKT tỉnh Lào Cai là cơ quan trực thuộc UBND tỉnh Lào Cai, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các khu công nghiệp, khu kinh tế, các cửa khẩu biên giới đất liền trên địa bàn tỉnh Lào Cai; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tư trong các khu công nghiệp, khu kinh tế, tại các cửa khẩu trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật.
BQLKKT có trách nhiệm tham gia ý kiến với các Bộ, ngành và UBND tỉnh trong việc xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật, chính sách, quy hoạch có liên quan đến hoạt động đầu tư, phát triển khu công nghiệp, khu kinh tế; xây dựng chương trình, kế hoạch về xúc tiến đầu tư phát triển khu công nghiệp, khu kinh tế.
Bên cạnh đó, BQLKKT phổ biến, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát, thanh tra và xử phạt vi phạm hành chính việc thực hiện quy định, quy hoạch, kế hoạch có liên quan tới khu công nghiệp, khu kinh tế. Đồng thời, BQLKKT giải quyết các khó khăn, vướng mắc của nhà đầu tư tại khu công nghiệp, khu kinh tế và kiến nghị Thủ tướng Chính phủ, các Bộ, ngành có liên quan và UBND tỉnh giải quyết những vấn đề vượt thẩm quyền…
Lãnh đạo BQLKKT gồm có Trưởng ban và ba Phó trưởng ban.
Hiện tại, Khu kinh tế tỉnh Lào Cai được quy hoạch với gần tám nghìn héc-ta, có hơn 1.000 doanh nghiệp tham gia hoạt động. Hằng năm, các cửa khẩu Lào Cai thực hiện 55 nghìn lượt xe ô-tô và 140 lượt tàu hỏa xuất, nhập khẩu; đón khoảng 1,2 triệu lượt lượt người xuất, nhập cảnh; kim ngạch xuất nhập khẩu đạt hơn hai tỷ USD.
