Bên cạnh những đóng góp tích cực trong nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước của ngành y tế, công tác xây dựng và tổ chức thực hiện pháp luật vẫn còn những hạn chế. Một số đơn vị chưa đặt công tác hoàn thiện thể chế là nhiệm vụ trọng tâm, nhân lực làm công tác pháp chế còn thiếu; chất lượng một số văn bản pháp luật chưa cao; còn tình trạng chậm tiến độ ban hành văn bản...