Cà Mau đặt ra nhiều mục tiêu trong khu bảo tồn biển, trong đó có việc quản lý, bảo vệ và bảo tồn nguồn lợi thủy sản, các loài sinh vật biển, loài quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng, loài có giá trị kinh tế và nghiên cứu khoa học...