Theo dự thảo Đề án, Trung tâm có sứ mệnh nghiên cứu, chuyển giao, giáo dục và thúc đẩy các hoạt động đổi mới sáng tạo trong lĩnh vực công nghệ đại dương, kinh tế đại dương, góp phần bảo đảm an ninh-quốc phòng quốc gia.