Việc giảm thuế giá trị gia tăng trên giá vé hành khách, phương tiện tại các bến phà ở Đồng bằng sông Cửu Long gặp khó khăn, vì không có tiền mệnh giá nhỏ để trả lại. Số tiền thừa do khách bỏ lại ở các công ty phà quản lý hiện nay lên đến hàng tỷ đồng nhưng không thể hạch toán vào ngân sách, không biết sử dụng cho mục đích nào.