Bên cạnh việc tối ưu hóa thuận lợi thương mại cho các doanh nghiệp Việt Nam và Australia, với vai trò là các cơ quan tuyến đầu quốc gia, Hải quan Việt Nam và Cơ quan Bảo vệ biên giới Australia (ABF) sẽ lấy công tác kiểm soát làm trọng tâm hợp tác nhằm thực hiện mục tiêu bảo đảm an ninh, an toàn quốc gia.