Ô nhiễm nguồn nước trong hệ thống thủy lợi Bắc Hưng Hải vẫn tăng hằng năm. Mức độ ô nhiễm ngày càng nghiêm trọng cả về phạm vi và mức độ, gây ảnh hưởng lớn đến đời sống và sản xuất của người dân bốn tỉnh, thành phố trong khu vực gồm: Hải Dương, Hưng Yên, Bắc Ninh và Hà Nội.