Cụ thể các môn thi giai đoạn 1:
- Môn Bơi: Tiểu học (TH), Trung học cơ sở (THCS) (nam, nữ).
- Môn Bóng bàn: TH, THCS (nam, nữ).
- Môn Bóng chuyền: THCS (nam, nữ).
- Môn Bóng đá, vòng loại TH, THCS, Trung học phổ thông (THPT).
- Môn Bóng rổ: THCS (nam, nữ).
- Môn Cầu Lông: THCS (nam, nữ).
- Môn Đá cầu: TH, THCS (nam, nữ).
- Môn Đẩy gậy: THCS (nam, nữ).
- Môn Điền kinh: TH, THCS (nam, nữ).
- Môn Kéo co: THCS (nam, nữ).
- Môn Thể dục Aerobic: TH, THCS.
15 môn thi của giai đoạn 2:
- Môn Bơi: THPT (nam, nữ).
- Môn Bóng bàn: THPT (nam, nữ).
- Môn Bóng chuyền: THPT (nam, nữ).
- Môn Bóng đá: Chung kết TH (nam), THCS (nam), THPT (nam, nữ).
- Môn Bóng rổ: THPT (nam, nữ).
- Môn Cầu lông: THPT (nam, nữ).
- Môn Cờ vua: TH, THCS và THPT, theo các lứa tuổi (nam, nữ).
- Môn Đá cầu: THPT (nam, nữ).
- Môn Điền kinh: THPT (nam, nữ).
- Môn Karate: THCS, THPT (nam, nữ).
- Môn Kéo co: THPT (nam, nữ).
- Môn Taekwondo: THCS, THPT (nam, nữ).
- Môn Thể dục Aerobic: THPT (nam, nữ).
- Môn Vovinam: THCS, THPT (nam, nữ).
- Môn Võ cổ truyền: THCS, THPT (nam, nữ).
Về số lượng môn thi tại cấp trường, huyện, tỉnh, Điều lệ Hội khỏe Phù Đổng lần thứ X năm 2024 quy định nhà trường, địa phương, các đơn vị tự lựa chọn, quyết định số lượng môn thi thuộc Hội khỏe Phù Đổng cấp trường, huyện, tỉnh cho phù hợp, nhằm khích lệ động viên, thu hút đông đảo học sinh tập luyện và tham gia thi đấu trên cơ sở số lượng môn thi chính thức của Hội khỏe, phong trào thể thao và điều kiện cụ thể nhà trường, đơn vị...
