Theo vùng lãnh thổ, hệ thống cảng biển gồm sáu nhóm cảng; đồng thời, tập trung xây dựng cảng cửa ngõ quốc tế tại Hải Phòng, Bà Rịa - Vũng Tàu và vùng kinh tế trọng điểm miền trung (khi có điều kiện), tiếp nhận được tàu trọng tải đến 100 nghìn tấn (tàu công-ten-nơ 8.000 TEU) hoặc lớn hơn, đủ năng lực để có thể kết hợp vai trò trung chuyển công-ten-nơ quốc tế; các cảng chuyên dùng quy mô lớn cho các liên hợp luyện kim, lọc hóa dầu, trung tâm nhiệt điện sử dụng than.