Theo đó, 21 bị can bị truy tố cùng về tội “Nhận hối lộ” quy định tại Điều 354 Bộ luật Hình sự, gồm: Nguyễn Quang Linh, nguyên Trợ lý Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ; Nguyễn Thanh Hải, Vụ trưởng; Nguyễn Tiến Thân, chuyên viên; Nguyễn Mai Anh, chuyên viên Vụ Quan hệ quốc tế (cùng thuộc Văn phòng Chính phủ).
Các bị can tại Bộ Ngoại giao bị truy tố gồm: Tô Anh Dũng, Thứ trưởng; Nguyễn Thị Hương Lan, Cục trưởng; Đỗ Hoàng Tùng, Phó Cục trưởng; Lê Tuấn Anh, Chánh Văn phòng; Lưu Tuấn Dũng, Phó phòng Bảo hộ công dân Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao; Vũ Hồng Nam, nguyên Đại sứ đặc mệnh toàn quyền Việt Nam tại Nhật Bản; Nguyễn Hồng Hà, nguyên Tổng Lãnh sự Việt Nam tại Osaka, Nhật Bản; Lý Tiến Hùng, nguyên cán bộ Đại sứ quán Việt Nam tại Nga; Vũ Ngọc Minh, nguyên Đại sứ đặc mệnh toàn quyền Việt Nam tại Angola.
Các bị can cùng bị truy tố về tội "Nhận hối lộ" gồm: Phạm Trung Kiên, chuyên viên Vụ Trang thiết bị và công trình y tế Bộ Y tế; Ngô Quang Tuấn, chuyên viên Vụ Hợp tác quốc tế Bộ Giao thông vận tải; Vũ Hồng Quang, Phó phòng Vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam; Trần Văn Dự, Vũ Anh Tuấn, Vũ Sỹ Cường (là 3 nguyên cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an); Trần Văn Tân, nguyên Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Nam; Chử Xuân Dũng, nguyên Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội.
4 bị can bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ” quy định tại Điều 356 Bộ luật Hình sự, gồm: Trần Việt Thái, nguyên Đại sứ đặc mệnh toàn quyền Việt Nam tại Malaysia; Nguyễn Lê Ngọc Anh, Nguyễn Hoàng Linh, Đặng Minh Phương, nguyên cán bộ Đại sứ quán Việt Nam tại Malaysia.
Bên cạnh đó, cơ quan chức năng truy tố 23 bị can về tội “Đưa hối lộ”; truy tố bốn bị can về tội “Môi giới hối lộ”; truy tố 1 bị can về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” và tội “Đưa hối lộ”; truy tố 1 bị can về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản.”
Theo cáo trạng, từ tháng 4/2020, Chính phủ cho phép thực hiện chuyến bay giải cứu đưa công dân hồi hương, người dân chỉ phải trả tiền vé máy bay, không mất chi phí cách ly. Sau đó là các chuyến bay combo, người dân tự nguyện trả phí toàn bộ.
Doanh nghiệp có nhu cầu tổ chức chuyến bay combo phải xin chủ trương của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, thành phố - nơi thực hiện cách ly công dân về nước. Hồ sơ sau đó được gửi về Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao để đơn vị này tổng hợp, lấy ý kiến tổ công tác 5 bộ (Ngoại giao, Công an, Y tế, Giao thông vận tải, Quốc phòng).
Từ đầu năm 2020 đến khoảng giữa năm 2021, nhà chức trách đã cấp phép và tổ chức hơn 1.000 chuyến bay, đưa hơn 200 nghìn công dân từ 62 quốc gia, vùng lãnh thổ về nước. Riêng Bộ Ngoại giao đề xuất Chính phủ phê duyệt 772 chuyến bay đưa công dân về nước, trong đó có 400 chuyến bay giải cứu, 372 chuyến bay combo.
Quá trình điều tra, Cơ quan điều tra phát hiện để có chi phí "bôi trơn", nhóm 20 doanh nghiệp với hơn 100 pháp nhân phải nâng giá vé máy bay, "vẽ" thêm nhiều chi phí phát sinh với khách hàng có nhu cầu về nước giữa đại dịch. Nhóm bị can là công an tại Cục Quản lý xuất nhập cảnh (Bộ Công an) và 1 thư ký của Thứ trưởng Y tế đã yêu cầu doanh nghiệp chi 50-230 triệu đồng cho phần thủ tục "qua tay" họ cho mỗi chuyến.
Cáo trạng xác định, 21 người của 4 bộ (Ngoại giao, Công an, Y tế, Giao thông vận tải) và 2 cựu Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân Hà Nội, Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Nam đã nhận hối lộ tổng cộng hơn 170 tỷ đồng.
Ngoài hành vi đưa, nhận hối lộ thực hiện chuyến bay giải cứu, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao xác định còn có nhóm bị can đã móc ngoặc để chạy án cho doanh nghiệp.
Trong đó, nguyên Phó Giám đốc Công an Hà Nội, Thiếu tướng Nguyễn Anh Tuấn nhận 2,65 triệu USD (khoảng 61,6 tỷ đồng) để chạy án cho Tổng Giám đốc Công ty Bluesky Lê Hồng Sơn, và Phó Tổng Giám đốc Công ty Bluesky Nguyễn Thị Thanh Hằng.
Theo lời khai của ông Tuấn, ngoài số tiền 400 nghìn USD giữ lại, đã đưa 2,25 triệu USD cho bị can Hoàng Văn Hưng, nguyên Trưởng phòng Điều tra Cục An ninh điều tra, Bộ Công an) theo từng lần Hằng chuyển tiền đến.
