Theo Bộ trưởng Tài nguyên và Môi trường Trần Hồng Hà, ô nhiễm tại lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy đã nhận diện và đánh giá về các nguồn thải. Theo đó, nguồn thải chủ yếu là ô nhiễm hữu cơ từ nước thải sinh hoạt, từ nguồn thải của các tỉnh, thành phố của sông Nhuệ, sông Đáy.