Các vi phạm được cơ quan chức năng phát hiện liên quan đến quảng cáo TPCN là: Quảng cáo khi chưa được cấp phép; chưa có thẩm định nội dung; quảng cáo không đúng nội dung thẩm định; quảng cáo TPCN như thuốc chữa bệnh... Nhiều nội dung quảng cáo TPCN, thực phẩm bảo vệ sức khỏe trên mạng xã hội hoàn toàn sai sự thật, nhất là các sản phẩm bảo vệ sức khỏe, sản phẩm làm đẹp, giảm cân. Thời gian gần đây còn có tình trạng quảng cáo, bán hàng trực tuyến nhiều mặt hàng liên quan đến sức khỏe nhưng không công bố, không đăng ký với các cơ quan quản lý nhà nước.
Ðáng chú ý, nhiều đối tượng sử dụng mạng xã hội, thậm chí sử dụng cả một số nhân vật có ảnh hưởng tới công chúng để quảng cáo TPCN. Những người tham gia vào các quảng cáo này không hiểu biết hết các quy định của pháp luật cho nên đã tiếp tay cho sai phạm. Một vi phạm cũng khá phổ biến là các doanh nghiệp vi phạm quảng cáo trên các trang thông tin điện tử, mạng xã hội. Việc quản lý các trang thông tin điện tử, mạng xã hội không thuộc thẩm quyền của Bộ Y tế cho nên khi phát hiện các vi phạm, Cục ATTP đã phối hợp, đôn đốc các cơ quan chức năng xử lý; đồng thời yêu cầu các doanh nghiệp, trang thông tin điện tử quảng cáo TPCN sai phạm phải gỡ bỏ nội dung quảng cáo không đúng và đưa thông tin cảnh báo công khai tới người tiêu dùng. Nhưng thực tế, việc xử lý của cơ quan chức năng (Bộ Thông tin và Truyền thông) cũng rất khó vì nhiều trang thông tin điện tử có máy chủ đặt tại nước ngoài.
TPCN chỉ có tác dụng nâng cao sức đề kháng, giảm nguy cơ mắc bệnh, giảm triệu chứng, không có tác dụng điều trị, không có tác dụng thay thế thuốc chữa bệnh. Vì thế, người tiêu dùng không nên sử dụng các sản phẩm thực phẩm chức năng có quảng cáo dưới các hình thức như: Dùng thư cảm ơn của bệnh nhân, dùng hình ảnh cán bộ y tế, sử dụng danh nghĩa, hình ảnh cơ quan y tế để quảng cáo… Bởi với những hành vi quảng cáo này, chưa cần kiểm tra đã cho thấy quảng cáo không đúng quy định.
Nhằm chấn chỉnh hoạt động quảng cáo TPCN, thời gian gần đây Cục ATTP phối hợp Cục Phát thanh truyền hình và Thông tin điện tử (Bộ Thông tin và Truyền thông) công khai thông tin về các sản phẩm vi phạm, các trang thông tin điện tử quảng cáo sản phẩm sai phạm, đồng thời thanh tra, kiểm tra, xử lý rất nhiều vụ việc. Bên cạnh các biện pháp xử phạt theo đúng quy định pháp luật, hằng tuần Cục ATTP sẽ công khai tên các doanh nghiệp, các sản phẩm, các trang điện tử quảng cáo TPCN không đúng nội dung được cấp phép quảng cáo, trên trang thông tin điện tử của Cục ATTP và các phương tiện thông tin báo chí để cảnh báo tới người tiêu dùng. Với những sản phẩm TPCN bị phát hiện có sai phạm về quảng cáo trên một số trang thông tin điện tử, mạng xã hội nhưng doanh nghiệp sản xuất ra sản phẩm đó không thừa nhận, Cục ATTP sẽ đưa các sản phẩm vi phạm này vào "danh sách đen".
Như vậy, ngoài phạt tiền, thu hồi bản công bố sản phẩm… thì việc công khai tên các cơ sở vi phạm, sản phẩm vi phạm cùng các hình phạt bổ sung sẽ có hiệu quả rất lớn, thậm chí hiệu quả còn cao hơn xử phạt hành chính, bởi không ít doanh nghiệp sẵn sàng nộp tiền phạt rồi lại vi phạm.
