Quá trình điều tra vụ án, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố 26 bị can, trong đó có Bùi Quang Huy, Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường.
Căn cứ kết quả điều tra mở rộng và tài liệu chứng cứ thu thập được, C03 đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét đối Bùi Quốc Việt, SN 1970, nhân viên Công ty Nhật Cường về tội Buôn lậu và Võ Việt Hùng, SN 1976, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Đầu tư và Phát triển Đông Kinh về tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Hiện, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tập trung điều tra, củng cố chứng cứ chứng minh hành vi phạm tội của các bị can, phục vụ kết luận điều tra, truy tố, xét xử vụ án. Đồng thời, tiếp tục điều tra mở rộng vụ án, tích cực tổ chức truy bắt Bùi Quang Huy và các đồng phạm để đề xuất xử lý theo đúng quy định của pháp luật.