Cùng ngày, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Phú Yên cũng ra quyết định khởi tố bị can, cấm đi khỏi nơi cư trú đối với Nguyễn Văn Thuận (24 tuổi), Nguyễn Hữu Toàn (36 tuổi), Cao Tấn Khôi (32 tuổi), đều là cán bộ Ban Quản lý rừng phòng hộ huyện Sông Hinh, Phú Yên; Huỳnh Kim Trúc (49 tuổi), cán bộ Hạt Kiểm lâm huyện Tây Hoà, Phú Yên. Bốn bị can này bị khởi tố tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Từ tháng 5-2020 đã có các bài viết phản ánh lợi dụng dịch Covid-19, một số người dân đã lén lút đưa xe cơ giới vào khai thác trái phép khu rừng tự nhiên giáp ranh giữa hai huyện Tây Hòa và Sông Hinh của tỉnh Phú Yên.Lãnh đạo tỉnh Phú Yên đã kiểm tra và chỉ đạo Công an tỉnh vào cuộc điều tra.
Sau đó, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên đã khởi tố vụ án; khởi tố, bắt tạm giam một số đối tượng trực tiếp khai thác rừng. Trong quá trình điều tra mở rộng, Cơ quan CSĐT phát hiện quy mô phá rừng trên thực tế lớn hơn nhiều so với báo cáo của một số đơn vị chức năng trước đó.