Các quyết định khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam được Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Đắk Lắk phê chuẩn. Ông Mạo được tại ngoại do đang bị bệnh nặng.
Theo kết quả điều tra ban đầu, Dự án Khu xử lý nước thải tập trung Cụm Công nghiệp Tân An 1, 2 nằm trên địa bàn phường Tân An, TP Buôn Ma Thuột được UBND tỉnh Đắk Lắk phê duyệt vào năm 2010, với tổng mức đầu tư hơn 37 tỷ đồng (điều chỉnh năm 2012), từ nguồn vốn ngân sách tỉnh. Dự án do UBND TP Buôn Ma Thuột làm chủ đầu tư, đại diện chủ đầu tư là BQL Khu tiểu thủ công nghiệp TP Buôn Ma Thuột, do Phan Xuân Mạo làm giám đốc.
Ngày 28-12-2012, BQL Khu tiểu thủ công nghiệp TP Buôn Ma Thuột tổ chức đấu thầu để lựa chọn nhà thầu thi công, chỉ định tư vấn quản lý và tư vấn giám sát thi công.
Theo đó, đơn vị trúng thầu là Công ty TNHH Xây dựng Tiến Thịnh (Công ty Tiến Thịnh) do Nguyễn Minh Tiến làm giám đốc. Đơn vị tư vấn giám sát thi công là Công ty TNHH Thương mại - Dịch vụ tư vấn quốc tế Vạn Hưng Đức (TP Hồ Chí Minh). Đơn vị tư vấn quản lý dự án là Công ty TNHH tư vấn xây dựng A.T. (TP Buôn Ma Thuột).
Ngày 28-12-2012, đại diện chủ đầu tư đã cho Công ty Tiến Thịnh tạm ứng số tiền hơn 3,39 tỷ đồng. Theo trình tự thực hiện của dự án và hồ sơ thiết kế, thi công, sau khi thực hiện xong phần thi công xây dựng sẽ tiến hành phần lắp đặt thiết bị. Tuy nhiên, sau khi được UBND tỉnh Đắk Lắk cấp kinh phí cho dự án, do thời gian không thể thực hiện hạng mục xây dựng công trình để kịp nghiệm thu, thanh toán theo tiến độ giải ngân kinh phí, ông Mạo và ông Tiến cùng thống nhất cho Công ty Tiến Thịnh tiến hành lập hồ sơ nghiệm thu phần máy móc, thiết bị trước để giải ngân vốn, giá trị theo hợp đồng về máy móc, thiết bị là hơn 10,3 tỷ đồng. Sau đó, Công ty Tiến Thịnh tiếp tục thi công phần xây dựng.
Ngày 28-12-2012, Công ty Tiến Thịnh ký hợp đồng với Công ty TNHH công nghệ môi trường Nông Lâm (Công ty Nông Lâm) để cung cấp lắp đặt thiết bị, máy móc cho hệ thống xử lý nước thải có công suất 1.500 m3/ngày-đêm và thiết bị cho phòng thí nghiệm với tổng giá trị hơn 6,1 tỷ đồng.
Sau khi ký kết hợp đồng, Công ty Tiến Thịnh yêu cầu Công ty Nông Lâm cung cấp thiết bị, máy móc, xuất hóa đơn cho hợp đồng theo giá trị đã ký nhưng Công ty Nông Lâm chỉ giao cho Công ty Tiến Thịnh bản photocopy liên hai tờ hóa đơn, với tổng giá trị bao gồm thuế giá trị gia tăng (GTGT) là hơn 6,1 tỷ đồng. Công ty Tiến Thịnh đã xuất cho BQL Khu tiểu thủ công nghiệp TP Buôn Ma Thuột hóa đơn GTGT tổng trị giá trị bao gồm cả thuế là hơn 9,5 tỷ đồng.
Cùng ngày, ông Mạo cùng Cty Tiến Thịnh đã lập hồ sơ nghiệm thu thanh toán đợt 1 phần máy và thiết bị công nghệ với tổng giá trị hoàn thành đề nghị thanh toán là hơn 9,5 tỷ đồng và được Kho bạc Nhà nước tỉnh Đắk Lắk chấp nhận thanh toán sau đó. Sau khi thực hiện nghiệm thu phần máy móc, thiết bị, Công ty Tiến Thịnh tiến hành thi công phần xây dựng các hạng mục tại khu xử lý nước thải tập trung.
Trên cơ sở khối lượng thi công, đại diện BQL Khu tiểu thủ công nghiệp TP Buôn Ma Thuột, Công ty Tiến Thịnh và Công ty Vạn Hưng Đức đã tiến hành nghiệm thu, lập hồ sơ đề nghị thanh toán khối lượng hoàn thành phần xây dựng đợt 2 và đợt 3, với tổng giá trị hơn 6,5 tỷ đồng và sau đó số tiền này được thanh toán.
Từ năm 2012-2016, UBND tỉnh Đắk Lắk đã bố trí vốn cho dự án tổng số tiền hơn 18,8 tỷ đồng, trong đó BQL Khu tiểu thủ công nghiệp TP Buôn Ma Thuột đã nghiệm thu thanh toán cho Công ty Tiến Thịnh tổng số tiền hơn 16 tỷ đồng. Số tiền còn lại đã thanh toán cho các đơn vị tư vấn thiết kế, tư vấn giám sát thi công, tư vấn quản lý dự án và các chi phí khác.
Ngày 26-4-2016, UBND TP Buôn Ma Thuột có quyết định thanh tra trách nhiệm các vấn đề liên quan tại BQL Khu tiểu thủ công nghiệp TP Buôn Ma Thuột. Quá trình kiểm tra, xác minh, đoàn thanh tra xác định việc nghiệm thu, thanh toán đối với hạng mục phần máy và thiết bị công nghệ tại Dự án Khu xử lý nước thải tập trung Cụm Công nghiệp Tân An 1, 2 không có cơ sở pháp lý về khối lượng với tổng giá trị hơn 9,5 tỷ đồng nên đã báo cáo Chủ tịch UBND TP Buôn Ma Thuột để chuyển đến Công an TP Buôn Ma Thuột để giải quyết theo quy định pháp luật.
Tháng 9-2016, Công an TP Buôn Ma Thuột đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự, nhưng một năm sau lại ra quyết định đình chỉ điều tra vụ án vì xác định “không đủ yếu tố cấu thành tội phạm”. Giữa năm 2020, Thường trực Tỉnh ủy, UBND tỉnh Đắk Lắk đã chỉ đạo và UBND TP Buôn Ma Thuột kiến nghị Cơ quan điều tra, Công an tỉnh Đắk Lắk phục hồi điều tra vụ án.
Theo cơ quan chức năng, giá trị chênh lệch do chủ đầu tư đã thanh toán cho đơn vị thi công đến thời điểm hiện nay không có khối lượng thi công thực tế, gây hậu quả thiệt hại tài sản Nhà nước số tiền hơn 7,9 tỷ đồng.
Hiện, cơ quan cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Đắk Lắk đang tiếp tục điều tra mở rộng vụ án để xử lý các cá nhân, tập thể liên quan.
