Theo kết quả điều tra, từ năm học 2018-2019 đến nay, Trường tiểu học Nguyễn Bá Ngọc (do bà Liên làm Hiệu trưởng) được Phòng Giáo dục và Đào tạo TP Rạch Giá duyệt cho phép tổ chức các lớp bán trú. Theo kế hoạch tổ chức hoạt động bán trú hằng năm được duyệt, Hiệu trưởng chịu trách nhiệm toàn bộ trong hoạt động quản lý, điều hành hoạt động giảng dạy các lớp bán trú, trong đó có theo dõi các khoản thu, chi các lớp bán trú theo quy định của pháp luật.
Năm học 2019-2020, Trường tiểu học Nguyễn Bá Ngọc mở 13 lớp bán trú với tổng số 505 học sinh. Thu tiền phí phục vụ 150.000 đồng/tháng/học sinh và tiền ăn 27.000 đồng/suất ăn/học sinh đối với các học sinh học bán trú. Đến năm học 2020-2021, trường mở 15 lớp bán trú với tổng số 629 học sinh, nhà trường thu tiền phí phục vụ 250.000 đồng/tháng/học sinh và tiền ăn 30.000 đồng/suất ăn/học sinh.
Thế nhưng trong hai năm học 2019-2020 và 2020-2021, việc thu, chi tiền bán trú thực tế tại Trường không đúng theo quy định về tài chính, kế toán. Cụ thể, vào đầu tháng, giáo viên chủ nhiệm các lớp bán trú thu tiền của học sinh và nộp lại cho bà Trần Thị Hường là thủ quỹ. Sau khi nhận tiền từ các giáo viên chủ nhiệm, bà Hường không nộp kho bạc theo quy định mà làm theo sự chỉ đạo của bà Liên là giao toàn bộ số tiền bà Hường thu được để bà Liên quản lý và tự chi.
Mặc dù biết rõ quy định các khoản thu trong nhà trường đều phải được gửi tại tài khoản tạm gửi tại kho bạc, nhưng bà Liên không thực hiện mà giữ toàn bộ tiền mặt thu được như trên và tự thực hiện việc chi các khoản như: trả tiền cung cấp suất ăn bán trú, bồi dưỡng cho giáo viên lớp bán trú, mua dụng cụ vệ sinh, trả lại tiền học sinh không ăn... Riêng tiền dùng để chi trả cho cơ sở nấu ăn, bà Liên không trực tiếp chi trả cho cơ sở nấu ăn mà đưa tiền cho bà Hường để thanh toán với cơ sở nấu ăn.
Trong các tháng 1, 9, 10 và 11-2020, thông qua việc tự quản lý tiền bán trú thu được, bà Liên đã có hành vi chiếm đoạt tiền, bao gồm tiền ăn và tiền trang bị cơ sở vật chất cho hoạt động bán trú, với tổng số tiền trên 1,35 tỷ đồng. Ngoài ra, trong năm học 2020-2021, bà Liên còn chiếm đoạt số tiền gần 435 triệu đồng, tiền bán đồng phục học sinh.
Hiện, vụ án đang được cơ quan CSĐT Công an tỉnh Kiên Giang tiếp tục điều tra mở rộng.