Trưa 2-6, Hàn Quốc và Nhật Bản đã đạt được thoả thuận điều tra về vụ việc chiếc tàu đánh cá của Hàn Quốc mang tên "Thần Phong" đã xâm phạm vùng đặc khu kinh tế biển của Nhật Bản, theo đó Nhật Bản sẽ rút tàu tuần dương khỏi khu vực căng thẳng, chấm dứt tình trạng đối đầu giữa hai lực lượng hải quân hai nước Hàn Quốc và Nhật Bản suốt hơn một ngày qua.
Theo kết quả của cuộc thương lượng giữa Hàn Quốc và Nhật Bản, nhân viên của tàu cá Thần Phong phải thừa nhận đã xâm phạm vùng đặc khu kinh tế trên biển của Nhật Bản và chạy trốn khỏi sự kiểm tra của Nhật Bản, đồng thời phải nộp khoản tiền đặt cọc 500 nghìn yen. Hàn Quốc quyết định sẽ điều tra cáo buộc của Nhật Bản về việc tàu Thần Phong xâm phạm vùng đặc khu kinh tế trên biển của Nhật Bản, sau đó sẽ xử lý theo pháp luật nếu tội danh đó là có thật. Nhật Bản rút hết tàu tuần dương ra khỏi vùng biển liên quan.
Sáng sớm ngày 1-6, chiếc tàu cá Thần Phong bị cáo buộc xâm phạm sâu 4,8 km vào vùng đặc khu kinh tế trên biển của Nhật Bản và bị hai tàu tuần dương của Nhật Bản bắt giữ. Chiếc tàu cá Thần Phong đã phát tín hiệu cấp cứu ngay sau khi bị bắt và cảnh sát biển của Hàn Quốc đã đến kịp thời và tiếp cận thành tàu Thần Phong. 13 chiếc tầu tuần dương của lực lượng cảnh sát biển hai nước tiếp cận hai bên thành tàu cá Thần Phong suốt hơn một ngày.
Ngày 1-6, Bộ trưởng Ngoại giao hai nước Hàn Quốc và Nhật Bản đã có cuộc tiếp xúc. Hai bên cho rằng, không nên để sự kiện tàu cá Thần Phong ảnh hưởng tiêu cực đến quan hệ hai nước. Đồng thời hai bên đi đến nhất trí kết thúc đối đầu trên biển do vụ tàu cá Thần Phong.
