Đây là đại hội thể dục thể thao dành cho học sinh phổ thông, được tổ chức 4 năm một lần nhằm duy trì và hưởng ứng cuộc vận động "Toàn dân rèn luyện thân thể theo gương Bác Hồ vĩ đại". Có 46 đoàn (mỗi đoàn 40 vận động viên) đến từ các quận, huyện, thị xã và 16 cụm trường THPT tham dự.
Trước đó, ngày 10-11-2015, UBND Thành phố Hà Nội đã ban hành Kế hoạch số 194/KH-UBND về tổ chức Hội khỏe Phù Đổng thành phố lần thứ 9 năm học 2015 – 2016. Thực hiện kế hoạch trên, hội khỏe Phù Đổng đã được triển khai sâu rộng từ cấp trường, cấp quận, huyện, thị xã, cấp cụm trường THPT và đã thu hút hơn 30 nghìn vận động viên tham gia thi đấu.
Nhiều đơn vị đã tích cực tổ chức Hội khỏe Phù Đổng có quy mô và chất lượng cao như: quận Ba Đình, Đống Đa, Cầu Giấy, thị xã Sơn Tây, huyện Gia Lâm, Đông Anh; trường THPT Thăng Long, Phan Đình Phùng, Nguyễn Gia Thiều… Từ hội khỏe cấp cơ sở, các đơn vị đã lựa chọn các vận động viên tiêu biểu, xuất sắc nhất đưa vào đội tuyển thi đấu cấp thành phố.
Hội khoẻ Phù Đổng cấp thành phố được tổ chức từ tháng 1 đến hết tháng 3-2016 với sự tham gia của hơn 7.000 học sinh thi đấu ở 16 môn như: Bơi lội, điền kinh, cờ vua, cờ tướng, bóng rổ, bóng đá, bóng bàn, cầu lông, đá cầu...
Từ kết quả của Hội khỏe Phù Đổng cấp thành phố, Hà Nội sẽ chọn hơn 800 vận động viên xuất sắc tiếp tục tranh tài tại Hội khỏe Phù Đổng cấp khu vực vào tháng 4 tại Nam Định và cấp toàn quốc, tháng 8-2016 tại Thanh Hóa và Nghệ An. Theo đó, tại vòng thi cấp khu vực và toàn quốc, các vận động viên thi đấu 13 môn thi như: Điền kinh, đá cầu, bơi lội, bóng bàn, cầu lông, bóng chuyền, bóng đá...
